神秘谷为天柱山一大奇观，位于飞来峰下，号称花岗岩洞第一秘府，有“天柱一绝”之称。道家奉此为司元洞府。地理位置十分险要，谷长五、六华里，全谷巨石交错，危洞幽深，谷底54个洞穴形态各异，云集交错，洞连洞，洞套洞，洞中有洞，洞洞相连，移步换景，神秘莫测。洞内有牖，有庭，有门，有石梯，有石栏，九曲回廊，豁然开朗。狭窄处，屈身匍行；宽敞处，数人并陈。谷旁古树虬枝，如铁壁挂画，谷内怪石异草，似丹墀仙境，引人入胜。

 神秘谷位于花莲县秀林乡富世村内，入口处位在距离太鲁阁1公里的收费站旁，循收费站旁指标下溪谷，可见对岸山棱间有一道清溪流出，即立雾溪支流砂卡礑溪，溪水清浅可涉，由此溯行约60分钟可达神秘谷，太管处已完成往神秘谷的游憩步道，但检查哨后已无明显路迹，切勿冒然前往，一般游客多在收费站附近下游游玩。神秘谷中有被溪水冲蚀成千奇百怪的大理石岩块，清澈见底的湛蓝水潭及两岸险峻的峭壁风光。谷中潭水洁净澄澈；在最下游处的水潭是神秘谷最美丽的部份，溪谷较宽阔，并可露营。

  神秘谷石由龙宫、迷宫、逍遥宫等组成，自龙吟虎啸崖入口，穿过五指峰，紧傍飞来峰，环绕衔珠峰，直达渡仙桥，全长400多米，落差100多米。从外面上看神秘谷，一谷乱石堆而已，而近百石洞全在迭石巧堆之中，游客再多，只闻其声，难见其人。谷内洞上有洞，洞里有洞；有的相连，有的间隔；疑无路时便是路，看是道处却迷途；洞宽处容人无数，河底卵石清晰可见；洞低处人必须葡行，一人挡道全洞漆黑；洞大时数人并步，可坐石小憩；壁陡处上下相连，手足并用；阴森处凉气袭人，七弯八拐忐忑不安；明亮时泉水叮咚，松吟鸟鸣。十三次进出：时而屈身而趋，时而匍匐而行；数十次攀越：时而只容一人挤进卡出，时而可纳数人同步并肩。一忽儿拽藤摸壁，一忽儿马踏平川。暗处，须借一缕微光，措索迂回；转眼又豁然开朗，长驱直入。两旁峭岩古松：有接引松、虬龙松，犹如铁璧挂画；沿途奇花异木：黄山杜鹃，珍珠黄杨，更似丹墀奇葩。空洞越窟，乐娱迷律；攀崖寻径，别有情趣。无怪道视此为福地洞天，称之为司玄洞庭洞府。

 道家视此地为洞天福地，道书称之为第十四洞天。旧志称此洞“空邃可容万余武，下有水晶岩，直通沧海。后呼为总官洞。”