华南分局还根据中共中央关于依靠大军，依靠南下干部，由大军、南下干部挂帅的指示，将广东各地党政干部作了调整，大军、南下干部当一把手，广东干部均任副职。现在回头看，这样的组织安排，就有明显的片面性。南下干部固然有长期在老区工作的经验，但也有不熟悉当地情况的不足；而广东的地方干部中也有不少坚持地下斗争的老同志，熟悉当地情况、熟悉本地语言，容易开展工作是他们的长处。按地域区别对待干部的做法，不利于取长补短，亲密团结，反而易于造成他们之间的隔阂和矛盾。

1952年4月，华南分局召开扩大会议，再一次研究了土改中的问题，决定把土改作为压倒一切的中心工作，更坚决地贯彻依靠大军、依靠南下干部的方针，开展土改整队（整顿队伍），查出身，查立场。全省共处理干部6515人。其中广东大陆地区67个县，集中土改小组长以上干部7703人，进行整队，结果处理了干部781人，占参加整队人数10%。方方不同意对广东干部队伍“不纯”作过分严重的估计。他反对把广东党组织比作马尔托夫式的党，强调对自己的队伍要有正确的方针。但他那时已无力对形势发展施加影响。