集美大学水产学院的前身是厦门水产学院，系1972年上海水产学院南迁厦门而成立。1994年10月，集美学村原五所高校合并成立集美大学，厦门水产学院也并入集美大学，更名为集美大学水产学院。

集美大学水产学院现有水产学和生物学2个一级学科硕士学位授予点，水产养殖学、水生生物学、渔业资源学3个二级学科硕士学位授予点，农业推广（渔业领域）1个硕士专业学位点，水产养殖学、动物科学、海洋渔业科学与技术、动植物检疫等4个本科专业，其中水产养殖学专业为国家级特色专业建设点、水产养殖学教学团队为省级教学团队。福建省教改项目“水产养殖学本科实验实习教学创新体系建立和实践”获得福建省教学成果奖一等奖。2002年开始，有2位教授分别作为中科院武汉水生所和湖南农业大学的兼职博导招收培养博士生。目前已经有水产学一级学科博士点.

学院设有水产养殖学、渔业资源学、水生生物学、动物营养与饲料科学、水产生物病害防治等五个学科。其中水产养殖学、渔业资源学和水生生物学三个学科为福建省重点学科，动物营养与饲料科学为集美大学重点学科。“十一五”期间学院承担的国家863计划项目、国家自然科学基金项目、省部级等各级各类科研项目220多项，在国内外多种学术刊物发表学术论文493篇，其中被SCI、EI、ISTP收录112篇；“十一五”期间，共获得15项省、市级科技进步奖，其中省级科技进步奖一等奖2项、省级科技进步奖二等奖3项。2006－2011年共申请国家发明专利23项，授权6项。主编、参编教材10多部。
学院紧紧围绕“培养学生创新精神和提高实践能力”的宗旨，不断推进学风建设。积极探索并不断完善以辅导员负责制、“学生导师”制、辅导员助理制为主的一套新形势下大学生政治思想教育工作新机制，高度重视和不断加强大学生党建和思想政治工作，开展丰富多彩的第二课堂活动，形成培育大学生良好人文素养、科学素质的氛围和环境。在“挑战杯”中国大学生创业计划大赛、全国大学生英语竞赛、大学生“三下乡”社会实践等活动中均取得较好成绩。历届毕业生深受社会和用人单位好评。