呼伦贝尔市拥有两个民用机场，海拉尔东山机场和满洲里西郊机场，海拉尔机场已经开通北京、呼和浩特、哈尔滨、沈阳、南京、杭州、深圳、秦皇岛、广州、石家庄、天津、上海、大连、宁波、郑州、三亚（冬季）、俄罗斯赤塔，蒙古乔巴山、蒙古乌兰巴托等多城市；计划开通厦门、武汉、日本熊本等5个城市。1993年7月6日国务院以国函（1993）97号文件批复同意海拉尔航空口岸对外开放。满洲里西郊机场已开通满洲里至北京、满洲里至呼和浩特、锡林浩特、乌兰浩特、通辽5条航线。从满洲里到达北京后，在北京乘坐海航航班当天可办理中转连程服务到达的城市可达30多个。呼伦贝尔东山国际机场为内蒙古自治区主要机场，国家一级4C级机场。[11]

呼伦贝尔市莫旗尼尔基通用机场即将开工建设，场址位于尼尔基镇西南，后兴农村西南、前兴农村东北。距尼尔基镇直线距离11km，公路距离约13．5公里，机场跑道长度为1200米，道面宽23米，两侧设置1．5米宽道肩，道面厚度按照新舟60飞机使用需求考虑，跑道两端设置掉头坪。尼尔基通用机场旅客吞吐量设计为13000人次/年，年均起降架次为765架。跑道、滑行道系统飞行区等级按2B标准设计，跑滑平面尺寸按照3C标准预留。选择机型为运—1219座、最大巡航速度为325公里/小时。