民国元年（1912年）初，海拉尔隶属呼伦贝尔地方自治政府，为府治所在地。

民国四年（1915年），呼伦贝尔为“特别区域”，直接归中华民国中央政府节制。

民国九年（1902年），海拉尔受辖于呼伦贝尔副都统衙门、呼伦县署、中东路海拉尔铁路交涉分局。

民国十六年（1927年）3月，海拉尔新街被认定为乡，市政分局改为东省特别区海拉尔乡政公所。

民国十八年（1929年）呼伦县公署改为呼伦县政府。同年11月苏军攻占海拉尔，成立“海拉尔苏维埃政府”，苏、蒙军撤出时自动取消。

民国二十年（1931年）“九一八”事变，日本帝国主义侵入东北。12月5日，海拉尔失陷。

民国二十一年（1932年）3月伪满洲国成立后，海拉尔归属于兴安北分省，并为省会驻地。

民国二十二年（1933年）建海拉尔办事处，行使铁路附属地外一切行政管辖权。

民国二十三年（1934年）10月兴安北分省改为兴安北省，海拉尔仍为省会驻地，隶属兴安北省。

民国二十四年（1935年）3月，海拉尔乡政公所辖新市街（原铁路附属地）和海拉尔办事处（原呼伦贝尔城）所辖一切权力合并，统一归海拉尔市政管理处辖。

民国二十九年（1940年）5月，定海拉尔为市，称海拉尔市。撤销海拉尔市政管理处，设市公署。

民国三十四年（1945年）10月，呼伦贝尔自治省政府在海拉尔成立，辖海拉尔市。将原“海拉尔市自治公署”改称“海拉尔市政府”。

民国三十七年（1948年）1月，呼伦贝尔地方自治政府改称呼伦贝尔盟政府，隶属内蒙古自治区。海拉尔市为属呼伦贝尔盟。

民国三十八年（1949年）4月11日，呼伦贝尔盟同纳文慕仁盟合并为“呼伦贝尔纳文慕仁盟”，辖海拉尔市。