明洪武元年（1368年）二月，潮州路率所属县归附于明，二年（1369年）改潮州路为潮州府，潮阳隶属之；是年在新兴乡海口（今海门镇）设巡检司（洪武二十七年迁至招收都大册，更名招宁巡检司），在奉恩乡门辟（今关埠镇）设巡检司，在南山下设吉安巡检司（洪武二十七年移贵山都贵屿，清雍正十三年（1735）迁黄陇都峡山）。二十四年置潮阳守御千户所于招收都（大概今达濠一带），二十七年迁至海口村更名为海门千户所。正统十年（1445年）海寇陈万宁攻潮阳，知县刘源洪击走之。十三年，置桑田巡检司。嘉靖四年（1525年）拆潮阳县隆井三分之一及大坭、酉头、惠来三都并拆海丰县龙溪都置惠来县。三十二年（1553年）正月海寇许栋犯潮阳招收都等处。三十七年（1558年）山贼首领杨继传、邹文纲率众攻陷潮阳洋乌等30余乡。三十八年（1559年）十月倭寇300余人从海口始入潮阳被乡兵击退后肆掠凤山钱岗等村，十一月倭寇千余人与许朝光等海寇攻海门被官兵击退。三十九年（1560年）正月都指挥武尚文御倭寇，杀寇400左右。六月山贼千余人袭入县城刚好在县城备倭乱之事的潮州府通判翁梦鲤督兵与贼巷战，同时乡勇亦参与巷战，至翌日天明周围乡兵来援从外合围，寇始遁走。四十二年（1563年）再拆潮阳县洋乌、水、黄坑三都置普宁县（至万历九年洋乌、水二都复归潮阳）。三月倭寇攻潮阳，林大春协守募义勇500余人据战倭寇，潮阳被围历40余日援兵来到始解。四十三年（1564年）吴平挟残寇劫掠潮阳神山古埕等村。隆庆元年（1567年），总兵郭成杀盘踞林樟20余年的贼首郭明。二年，曾一本劫掠潮阳。万历三十一年（1603年），倭寇进犯海门，参将麻镇击退之。四十六年（1618年），海寇袁进劫掠潮阳。隆武元年（1646年）九月，盗李班三攻贵屿。二年三月，剿潮阳群盗平东浦、东山、陈禾陂、莲塘、溪尾等九寨。十月陈拔五等围攻潮阳县城。十一月刘公显攻潮阳，被拒。同月清降佟养甲、李成栋入潮。顺治四年（1647年），清廷既定惠潮，七月颁赦惠潮诏。张礼据招收、砂浦2都称渠长。五年，巡抚佟养甲，提督李成栋以广东叛清附明。顺治七年（1650年）三月，郑成功入潮阳屠杀和平寨降溪头寨。