清治时期

漠南蒙古16个部49个封建主在1636年前后归属于清朝。此后，漠北蒙古和青海的厄鲁特蒙古各部封建主先后向清朝遣使纳贡。同时，沙俄的侵略魔爪伸进了我国新疆厄鲁特蒙古地区，并收买和策动厄鲁特准噶尔部贵族噶尔丹等对青海蒙古﹑漠北蒙古和漠南蒙古发动侵袭，清朝经过多次用兵，终于在1776年平定了准噶尔少数贵族的叛乱，重新统一了蒙古族地区。为了加强对蒙古族的统治，在重新调整蒙古原来的大小封建领地“兀鲁斯”﹑“鄂托克”的基础上，清政府参照满族的八旗制，在蒙古族地区建立了盟旗制度。

清朝雍正十三年(1735年）至乾隆四年在今呼和浩特东部新建军事驻防城，命名为“绥远城”，后将“归化”、“绥远”两城合并为归化县。清朝时漠南蒙古没有统一的行政区划，内札萨克49旗分属于6个盟。

鸦片战争后，沙俄不仅通过一系列不平等条约侵占了中国大片领土，还攫取了各种特权，倾销商品﹑输出资本﹑修筑铁路﹑掠夺资源，控制蒙古地区的经济命脉，掠夺和搜刮财富。

1859年6月，英﹑法侵略军进犯大沽口，驻守在那里的2000多名蒙古族骑兵在僧格林沁的指挥下，不顾清朝政府的卖国投降命令，奋起自卫还击。经过一昼夜激战，击沉敌舰4艘，毙伤敌军400多人，打得侵略军狼狈逃窜。

太平天国运动时期，蒙古族人民掀起了反对清朝政府和蒙古族封建统治阶级的斗争。1858年，内蒙古伊克昭盟乌审旗爆发了由贫困牧民丕勒杰等领导的“独贵龙”运动(或作“多归轮”，蒙古语“环形”、“圈子”之意。参加“独贵龙”的人，开会时按环形席地而坐，发表文件签名时也依次将名字排成一个圆圈，因以得名)，反抗贵族官吏的苛捐杂税和兵差徭役。此后，在内蒙古西部地区，蒙古族人民都以“独贵龙”的形式与统治阶级不断地展开斗争。内蒙古东部则有蒙古族白凌阿领导的义州﹑朝阳起义，汉、蒙古等族人民团结战斗，打击了统治者。

中华民国

辛亥革命时期，沙俄趁机勾结和支持少数封建上层和喇嘛活佛---哲布尊丹巴等在蒙古地区策动所谓“独立”﹑“自治”，煽动民族败类发动叛乱，妄图借机吞并蒙古地区。清亡之后喀尔喀蒙古走向独立，而内蒙古则在中华民国的统治下，分属于若干省。1913年，国民政府改今呼和浩特为归绥县，1928年，绥远建省，以归绥县城区设立归绥市，作为省会。内蒙古地仍然没有统一的行政区划，分属于绥远省，热河省，察哈尔省，宁夏省，兴安省等。

辛亥革命后，日本帝国主义加紧侵略中国东北和东蒙古地区。抗日战争期间，漠南蒙古的一部分地区曾被日本军占领，德王为首的群体与日本帝国合作，成立“蒙疆联合自治政府”等机构，管理内蒙古部分地区。20世纪30年代初，内蒙古大部分地区沦为日本帝国主义的殖民地。他们网罗蒙﹑汉奸头目，如德穆楚克栋鲁普(即德王)﹑李守信﹑王英等，拼凑伪军，建立傀儡政权，对沦陷区蒙﹑汉各族人民进行残暴统治。日本人将归绥市改为“厚和特别市”。日本战败后，复称归绥市。