1992 年 12 月国务院下文撤销万县地区建制设万县市（地级市），辖龙宝区、天城区、五桥区、开县、梁平县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、城口县 3 区 8 县。

1997 年 12 月 20 日，中共中央办公厅、国务院办公厅批复，撤销万县市及其所辖的龙宝区、天城区、五桥区，设立重庆市万县移民开发区和重庆市万县区，龙宝区、天城区、五桥区改为龙宝管理委员会、天城管理委员会、五桥管理委员会。万县区辖龙宝、天城、五桥三个管理委员会。万县移民开发区受重庆市委、市政府的委托，代管开县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县。

1998 年 5 月 22 日经中共中央办公厅、国务院办公厅批准，将重庆市万县区更名为重庆市万州移民开发区。万州区辖龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会；

2000 年 7 月 19 日，中共中央办公厅、国务院办公厅批复，撤销重庆市万州移民开发区，龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会更名为龙宝移民开发区、五桥移民开发区、天城移民开发区，由万州区管辖，共 32 个镇、 45 个乡、 14 个街道办事处、 1277 个居民委员会、村；

2004年万州对镇乡（街道）区划作了调整，由原来的92个镇、乡、街道减少到52个；

2005年4月，重庆市委、市政府决定撤销龙宝、天城、五桥移民开发区，由万州区直接管理镇乡、街道，辖１3个乡、２８个镇、１１个街道办事处。