区历史编辑晋代医药学家、道教理论家、著名道士葛洪，约在东晋升平年间来到三清山风景名胜区炼丹。唐乾符年间，紫金光禄大夫、信州太守王鉴，暮年携家隐退在山下的大源坞（今德兴反大乡引浆村）。宋乾道六年（1170），王鉴的第十代孙王霖创建三清道观，后因世乱荒年，道观毁。

明景泰年间（1450-1456），王鉴的第二十八代孙王祜，在旧基再建三清宫，并沿途设景，增设殿宇，并施田以膳羽士。当时资政大夫、南京兵部尚书孙原贞为其手书“三清宫”坊额，三清山风景名胜区乃因此日渐闻名遐迩。

清代，三清山风景名胜区的天姿国色吸引着八方游客，时有名人程云吉、程一先、毛九瑞、肖立选、陈壎、程光壁、余朝楷等先后上山观光，浙江、安徽等省香客亦到三清山风景名胜区进香。三清山风景名胜区旅游业得到发展。而在清末和民国期间，由于连年战乱，三清山风景名胜区一度衰落：在近代，第二次国内革命战争时期，三清山风景名胜区是皖浙赣闽边区革命老根据地之一，建立了苏维埃政权，发展对外贸易，粉碎了国民政府的封锁，成为苏区食盐、医药、布疋等物资的重要供应站。

1985年，江西省人民政府批准三清山风景名胜区为省级重点风景名胜区，并列为全省四个旅游区之一。1985年，成立三清山风景名胜区管理局。1988年8月，国务院又批准为第二批国家级重点风景名胜区。旅游服务设施已成规模，北麓建有汾水宾馆，经营住宿、饮食、商店、停车、摄影、导游等业务，山间还建有三清山风景名胜区第一、第二招待所、汾水村旅行社以及一些个体户经营的小吃部等。南麓的山谷里，新建了一座山庄式的响波桥宾馆以及梯云岭、日出山庄、青年茶社等。

2005年9月被列为国家地质公园。2008年7月8日，第32届世界遗产大会将三清山风景名胜区列入《世界遗产名录》，三清山风景名胜区成为中国第七个、江西第一个世界自然遗产。2012年9月21日，在葡萄牙阿洛卡举行的第11届世界地质公园大会上，江西省三清山风景名胜区被联合国教科文组织正式列入世界地质公园名录。2011年被正式授予“国家5A级旅游景区”称号。[8] [1] [9-10]