20世纪80年代初，为了普及教育，准旗以就近办学为宗旨，将学校办到了老百姓的家门口，形成了后来点多面广的中小学总体布局。进入21世纪，这种分散办学的布局暴露出越来越多的弊端，大批农村劳动力迅速涌进薛家湾、沙圪堵和几个工业园区，形成了城镇中小学无法容纳，偏僻山区中小学生源严重不足的局面。这不仅使有限的教育资源得不到合理利用，也造成部分教育资源的严重浪费。李卫东调任教体局后，第一件事就是用两个月时间跑遍了全旗各级各类学校，实地调研每一所学校的情况，他领着项目办的同志，一边听取汇报，一边详细记录学校在软硬件两个方面急需解决的问题。哪些教育资源在闲置着，哪些教育资源需要整合？短短两年时间，就将原来的200多所学校整合为69所，其中高中3所，初中13所，小学53所，使教育资源得到了合理利用。接着，准格尔旗进行了大规模的教育基本建设，仅2005、2006两年，就累计完成基建项目和购置教学设备投资26808.8万元，比建国以来前50多年的总和还多，位居内蒙古自治区103个旗县区之首。巨大的资金投入使准格尔旗的教育教学条件发生了翻天覆地的巨变。 　在进行大规模改、扩、新建学校的同时，旗教体局开始下大力气培养教师队伍，提高教学水平，拟定并出台了《准格尔旗中小学教师上岗考试实施方案》和《准格尔旗学校校长教师奖励办法》。全旗高中、初中及小学教师上岗考试工作先后全部完成。2005年，准旗又创新思路，强化措施，明确提出了加强教师、校（圆）长、教研员三支队伍建设的目标和要求，把建设高素质的教师和管理队伍作为实现准旗优质教育的基础工程、重点工程，摆上日程，常抓不懈。实行校（圆）长聘任制，凡聘任的校（圆）长都与教体局签订任期目标责任制，53名德才兼备的校（圆）长脱颖而出走上领导岗位。为了加强教科研队伍建设，给旗教研室充实了学科教研员，配备相应的教研设备，全面开展了教科研活动。2006年，教研员到各校听课达2031节，其中开展各类观摩课54节，研讨课296节；教研员出示公开课46节。认真组织了“送教下乡”活动和沙薛两镇学校的“学科开放周”活动。与各中小学的学科带头人构建起了教科研网络。教研员真正成为“先进教育思想的传播者，教育科研的引领者，教育教学的示范者，教学管理的指导者。局长亲自进课堂，听课、评课、现场指导教学工作。从区内外招聘了31位名师；招聘优秀本科生85名；招聘师范类专科以上毕业生248名。为教师队伍注入了新鲜血液。

除了人事制度改革外，教育质量能不能提高，另一个关键因素在管理。为此，李卫东力主从管理着手抓好教学质量，并亲自主持制订了《准格尔旗教体局关于进一步加强中小学校常规管理的实施意见》、《准格尔旗教体局关于全面提高教育教学质量的实施意见》、《准格尔旗教育经费财务管理细则》、《准格尔旗中小学幼儿园教育工作督导评价方案》、《准格尔旗骨干教师认定办法》、《准格尔旗小学课堂教学评价方案》等8个规范性文件。特别是在学校财务管理制度方面，他第一次明确提出并实行校财局管制度，就是各学校不再单独设帐，而是实行报账制度。这一管理制度从根本上控制了学校负债办学的情况，赢得了各级领导的好评。李卫东还多方筹集资金，一方面用于改善办学条件，一方面偿还教育系统负债7000多万元和局机关银行贷款1000多万元。彻底扭转了过去那种因资金短缺而不能保证教学工作正常运行的被动局面，也为全面提高教育教学质量提供了稳定的经费支撑。

科学规范的管理，严谨的治学理念，现代化的教学设备，先进的办学条件，创新思维的教学方法，乐于奉献的敬业精神，诸多因素形成合力，把准旗的教育教学质量实实在在的向前推进了一大步。准格尔旗教体局在2006年全市督导评估中获第一名，鄂尔多斯市教育局主要领导说：这是准旗15年来第一次获得如此殊荣。同时，准旗“33211工程”顺利通过自治区验收，获得“优秀”；代表自治区接受国家“二期义教工程”验收，并受到验收组专家们的一致好评。准旗教研室、准旗一中、准旗民中、薛家湾第一小学、第二小学和旗第一幼儿园被评为“全国科研兴教示范单位”，并于2006年12月16日在人民大会堂领奖，从幼儿园、小学、初中、高中到教研室全面获奖，全国只有两家，谱写了准格尔旗教育事业的崭新华章。