1921年，陈嘉庚创办的厦门大学，为厦门最早的高等院校。1958年前后，先后创办厦门师范学院、厦门医学院、厦门工学院，并在原来的几所中专增办大学部或改为大专院校，但这些学校因办学条件不佳和当时的国民经济困难，不久便下马或合并。1978年底复办福建体育学院；集美航海学校由中专改为大专，1989年又升格为大学本科。1984年集美财经学校扩办为大专。1979年4月，厦门师范学校升格为大专。1981年厦门市政府根据厦门经济特区发展对建设人才的需求，创办高等职业学校——鹭江大学。1993年试办民办高校华厦大学。1994年，国家教委与厦门市政府签订协议，共建厦门大学；集美航海学院、厦门水产学院等6所高校联办集美大学。至1995年，厦门市有全日制高校8所，即厦门大学、鹭江职业大学以及集美大学所属的航海学院、水产学院、体育学院、财经学院、师范学院、工商管理学院。此外还有市广播电视大学开设的普通专科班。