中华民国(1912-1949年):1912年,政区仍沿用清末省、府、县三级制，道为省的监察区。1913年1月8日,北洋政府颁发组织令,规定地方实行省、道、县三级制。今境除东明县属直隶大名道、鄄城县和梁山县(原为寿张县)属山东省济西道(后改为东临道,治聊城),其他县均属山东省岱南道(后改为济宁道,治济宁)。1925年10月22日,山东省将原四道增为11道制,于今菏泽市区置曹濮道(治菏泽)。1928年废道制,东明县直属河北省,其他县直属山东省。1932年南京政府规定省下设行政督察区,专员公署为省政府的派出机构。至1937年“七·七”事变前夕,山东省共有7个行政督察区(以下简称区):第一区治济宁；第二区治菏泽,菏泽、定陶、曹县、成武、单县、巨野、郓城属之；第六区治聊城，濮县(1931年濮、鄄分治,1926年鄄城并入濮县)……属之。“七·七”事变后,日本侵略军侵入山东后,山东省政府撤离济南,在省内流亡,并于1938-1942年在全省先后设置了17个区。巨野、郓城、寿张、汶上属第二区,单县、成武、曹县属第十一区,菏泽、定陶、濮县属第十六区。日本投降后,国民党山东省政府虽然调整了行政区划,但境内各县的归属仍未变。

抗日战争时期:由中国共产党领导的抗日政府相继产生,抗日根据地和游击区逐步发展成为各级政区。从1940年到抗战胜利,境域分属以下几个专区:冀鲁豫第八专区。1940年4月初建立运西专区,是年11月改称鲁西二专区,属山东省鲁西行政区。1941年鲁西行政区并入冀鲁豫行政区。1940年7月建立湖西专区(因地处微山湖西),属山东省鲁西行政区,辖区位于今境南部,专署常活动于单县东南蔡溜、张寨一带。冀鲁豫第十专区。1941年5月建立冀鲁豫三专区,7月改为冀鲁豫七专区,9月改称晋冀鲁豫二十二专区和冀鲁豫十专区。辖区位于境内中部和西南部,兼及河南省考城、民权等县部分区域。

解放战争时期:1946年2月,原冀鲁豫第八专区改为冀鲁豫二专区,专署曾移驻郓城潘渡和陈坡,原冀鲁豫十一专区改为三专区,十专区改为五专区。1948年9 月全境解放。1949年3 月,华北人民政府决定将冀鲁豫第二、三、五、七专区分别更名为临河、湖西、鲁西南、运西专区。是年8月,平原省建立,临河、鲁西南及运西的一部分合并为菏泽专区,与湖西专区同属平原省人民政府。

1949年10月1日,中华人民共和国成立,属平原省。

1952年11月,中央人民政府批准撤销平原省建制,菏泽、湖西两专区划归山东省。

1953年7月20日,中央人民政府批准山东省撤销湖西专区,其所辖县分别归菏泽、济宁两专区。

1967年3月,改菏泽专区为菏泽地区。

2000年6月10日,经国务院批准,改菏泽地区为菏泽市(地级),原菏泽市(县级)更名为牡丹区。[1]