1、目录索引则完全依赖手工操作。用户提交网站后，目录编辑人员会亲自浏览你的网站，然后根据一套自定的评判标准甚至编辑人员的主观印象，决定是否接纳你的网站。
2、　目录索引对网站的要求高，有时即使登录多次也不一定成功。尤其Yahoo这样的超级索引，登录更是困难。
3、登录目录索引时则必须将网站放在一个最合适的目录（Directory）。
4、目录索引要求手工并填写网站信息，还有各种各样的限制。更有甚者，如果工作人员认为你提交网站的目录、网站信息不合适，他可以随时对其进行调整，当然事先是不会和你商量的。

搜索引擎与目录索引有相互融合渗透的趋势。一些纯粹的全文搜索引擎也提供目录搜索，如Google就借用Open Directory目录提供分类查询。而像Yahoo! ；这些老牌目录索引则通过与Google等搜索引擎合作扩大搜索范围（注）。在默认搜索模式下，一些目录类搜索引擎首先返回的是自己目录中匹配的网站，如中国的搜狐、新浪、网易等；而另外一些则默认的是网页搜索，如Yahoo。这种引擎的特点是找的准确率比较高。