考古资料表明，吉林是人类在东北较早栖息和开发的重要地区之一。早在石器时代，这里即有人类居住。

殷周时代，这里已有氏族部落，即满族的祖先“肃慎人”。西汉时期，这里是扶余国前期首都，称扶余前期王城，是当时东北最先进的城市。在东团山遗址发现了吉林省内最早的城池，即《三国志·魏志·东夷传》所记载的“秽城”。

在西汉元封三年（前108年），汉武帝于东北地区设置四郡之前建成了扶余国。该王国归玄菟郡管辖，后属辽东郡。据考其前期王城就在“秽城”，即今吉林市东团山麓“南城子”，直到东晋永和二年（346年），该城被鲜卑慕容皝派军攻占之后，扶余王室才“西徙近燕”。在这454年间，吉林一直为扶余国首都。

东晋义熙六年（410年），高句丽王国第十九代王广开土王谈德即好太王，其势力扩展到今吉林一带，为抵御勿吉王国的南下，在今吉林市龙潭山、东团山和三道岭子修建了规模大小不等的军事城堡。

668年高句丽灭亡后，勿吉王国七部之一的粟末靺鞨部首领大祚荣，于唐武则天圣历元年（698年）在敦化、宁安建立渤海王国（初称震国），到大湮撰时（926年）被契丹国所灭，共历229年。今吉林市为渤海王国三个独奏州（即中央直辖州）之一的涑州所辖，该州治所沿用了今吉林市东团山麓“南城子”。

916年，耶律阿保机建立契丹国，926年灭渤海后统一东北，947年改国号为辽，今吉林市一带为辽的东京道所辖。公元1115年，靺鞨族的后裔女真人建立金国。1125年金灭辽后，吉林初属金之咸平路，后改属上京路会宁府。至今，在吉林市地区尚有辽代修建、金代沿用的规模不等的古城堡30余座，如今吉林市区就有江北土城子，江南官地等辽金古城。

元朝，今吉林地区属辽阳行省开元路海西辽东道辖地。

明朝开始，这里隶属海西女真乌拉部统辖，成为“乌拉国”，明永乐七年（1409年）四月，明朝政府在吉林设置造船基地，吉林起到加强辽东都司与奴尔干都司之间联系的作用，负责建造运载官兵，粮草赏赐品和贡品的船只，同时也把这里作为运输官兵、粮草的转运站。到明万历四十一年（1613年）为努尔哈赤统治，成为后金的领地，之后，皇太极改金称清，建立清王朝。

清统治者把盛京（今沈阳）、吉林（今吉林市）看成清朝的发祥重地，为了防止满族汉化，保护当地土特产品，施行了严格的封禁政策，于顺治、康熙年间先后修建两条柳条边墙（壕），吉林市位于老边外，新边内，故称边外。至今在舒兰等地尚可见边墙（壕）残迹。清入关后，即在明代乌拉部旧地设立属于清廷内务府直接管辖的“打牲乌拉总管衙门”，奉旨专为皇室采捕东珠、鲟鱼、鳇鱼、貂皮、人参、松子等佳珍，有清一代，岁贡不绝。清朝确立对全国的统治后，在东北等要冲地区派将军驻守。康熙十二年（1673年）宁古塔副都统安珠瑚奉旨修建吉林木城（后改土城和砖城）。康熙十五年（1676年）原宁古塔将军巴海移驻吉林，从此吉林城人口骤增，吉林成为清政府统辖松花江、乌苏里江、黑龙江等流域的重镇，成为清朝在东北地区仅次于盛京的政治、军事、经济和交通中心。

清廷为进一步防御沙俄入侵，保障边疆安定，自顺治十八年（1661年）起，在今吉林市松花江畔临江门至温德河口一带设厂造船并建立水师营，担负修造战舰和训练水军的任务。由于吉林城军事地位的重要，康熙皇帝曾于1682年、1698年先后两次东巡吉林，视察水师，并即兴写下了《松花江放船歌》，从此“江城”又成为钦定的吉林代称。

雍正五年（1727年）设立永吉州，州治吉林。

乾隆十二年（1747年），改永吉州为吉林厅。

光绪七年（1881年），吉林厅升为吉林直隶厅，次年又升为吉林府。

光绪三十三年（1907年）四月，清政府宣布设奉天、吉林、黑龙江行省，吉林省治仍在吉林城。吉林行省公署下设各道司局，如劝业道、提法司、提学司、木税局、咨询局等。

民国时期，吉林市仍为吉林省政治、经济、文化中心，在民国2年（1913年）和民国18年（1929年），这里分别更名为吉林县和永吉县。

民国20年（1931年）9月21日，日军占领了吉林，次年3月1日，成立伪吉林省公署。

1945年8月，日本战败投降，国民党成立吉林地方治安维持会。10月，在中共吉林市委组织下成立吉林市政府。11月，成立吉林省政府，省会设在吉林市。

1946年5月，共产党军队从吉林市撤出，国民党成立吉林省政府和吉林市政府。

1948年3月9日，中共占领吉林市。3月10日，吉林省政府从延吉市迁至吉林市，3月23日，成立吉林市人民政府。

1954年9月27日，吉林省人民政府由吉林市迁往长春市。

1968年3月，成立吉林市革命委员会。

1980年撤消吉林市革命委员会，恢复吉林市人民政府。

愿吉林越来越好。