医院现开设内科、外科、妇科、产科、儿科、急诊科、危重医学科、麻醉科、中医科、康复科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、医学影像科、医学检验科、临床药学科等17个专业科室。拥有医务人员274人，其中正高职称5人、副高职称12人、中级职称32人；博士6人、硕士55人，博士生导师2人、硕士生导师3人；技术骨干及管理人员均为广州市第一人民医院派驻，医院信息系统以专用光纤与广州市第一人民医院直接联网，拥有雄厚的医疗运营力量支持。医院配有价值近5700万元人民币的先进医疗设备和精密仪器，其中包括东芝64排螺旋CT、胃肠镜（NBI）、全自动生化分析仪、全自动酶免分析系统、各类腔镜手术系统等及具有世界先进水平的数字一体化手术室南沙中心医院西邻虎门高速公路及蕉门水道，紧靠南沙环岛西路，北邻广州地铁4号线金洲总站。医院总占地面积10.05万平方米，建筑工程分三期进行，一期建筑面积为30000平方米，二期建筑面积为65000平方米，三期为预留发展用地。现已完成的一期工程，建筑面积为3万平方米，设置床位100张。南沙中心医院二期工程已于2012年12月18日开工，预计与2014年10月交付使用，包括13层住院楼及5层医技楼，将开设床位800张。二期后续工程拟新建4栋建筑：住院楼、科教行政宿舍楼、职工饭堂、体检康复中心，局部改造门诊综合楼、公共卫生应急大楼。三期为远期发展预留用地。