宋朝以前

距今200万年前的旧石器时代早期，在今重庆巫山县已经出现了中国最早的人类——巫山人。

距今两万年至三万年的旧石器时代晚期，出现了“铜梁文化”（今重庆铜梁区）。

夏商时期，三峡地区是中国主要岩盐产区，由于盐是古代重要的硬通货之一，由此在巫山地区催生了早期的巴国文明。

先秦时期，诸侯国巴国先后在枳（今重庆涪陵区）、江州（今重庆渝中区）、垫江（今重庆合川区）建都。

周庄王八年（前689年），巴国与楚国激战于那处（今湖北荆门县东南），双方相持数月，巴人不敌而归。巴楚之战时断时续，几乎贯穿整个巴史。

周慎靓王五年，秦惠文王更元九年（前316年），张仪带兵灭巴之后，屯兵江州，筑巴郡城（江州城），城址在今渝中区长江、嘉陵江汇合处朝天门附近。是为史载重庆建城之始。后秦分天下为三十六郡，巴郡为其一。

汉朝时候巴郡称江州，为益州刺史部所管辖。三国时期，蜀汉李严在江州筑大城。魏晋南北朝时期，巴郡先后是荆州、益州、巴州、楚州的一个辖区。

隋文帝开皇元年（581年），以渝水（嘉陵江古称）绕城，改楚州为渝州。这是重庆简称渝的来历。唐代延续渝州之称，为剑南道辖地。

宋元明时期

宋代时，属夔州路管辖，崇宁元年（1102年），因赵谂谋反之事，宋徽宗以“渝”有“变”之意，改渝州为恭州。宋孝宗淳熙十六年（1189年），宋光宗升恭州为重庆府，重庆由此而得名。

宋朝末期，蒙古军队大举南侵，先后攻陷阆中、德阳、资中、遂宁等多个四川重镇。南宋开庆元年（1259年）夏，四川成都已危在旦夕，10月，蒙军为堵截从重庆救援四川成都的援军，在重庆合川打响钓鱼城之战（或称钓鱼城保卫战）。在战斗中被称为“上帝之鞭”的蒙古大汗蒙哥（元宪宗）被流弹击中身亡，此后欧亚各战场蒙古众王回师争夺汗位，使得宋王朝延续20年，甚至改变了欧亚战场的格局。

南宋景定二年，蒙古中统二年（1261年），蒙军攻破成都，宋军退守重庆，彭大雅出任重庆知府。为防御之需，彭大雅竭尽全力拓修重庆城，向北扩至嘉陵江边，向西扩至今临江门、通远门一线，范围大致比李严扩建的江州城扩大了两倍，奠定了此后直至明清重庆古城的大致格局。而合川钓鱼城直到南宋祥兴二年，元至元十六年（1279年）才被占领。钓鱼城保卫战长逾36年，写下了中外战争史上罕见的以弱胜强的战例，因此被欧洲人誉为“东方麦加城”、“上帝折鞭处”。

清朝时期（通商开埠）

1876年9月13日，英国以“滇案”为借口，迫使清政府签订了中英《烟台条约》，其中规定英国可向重庆派驻领事。

1890年3月31日，中英签订《新订烟台条约续增专条》，确定重庆作为通商口岸。随后英商开辟从宜昌到重庆的轮船航线。同年，英国在重庆设立总领事馆。

1891年3月1日，重庆海关在朝天门附近设立。

1895年，清政府在甲午战争中被日本打败，根据当年4月签订的《马关条约》（日称为《日清媾和条约》）中规定，重庆成为中国第一批向日本开放的内陆通商口岸。

1896年，法国、日本、美国分别在重庆设立总领事馆。

1901年，日本在今南岸区王家沱设立了日本租界。同年，法国在今南岸区弹子石附近先后建立了水师码头和兵营。

1902年，沙俄在今渝中区枇杷山上建立了俄罗斯公馆。

1904年，德国在重庆设立领事馆。

中华民国时期（战时首都）

1921年，重庆设埠督办处，任命杨森为督办，筹办市政。其时重庆市区范围未定，权以巴县城关即今渝中半岛部分及原江北县城附近一带居民区为辖区。

1922年，将商埠督办处改为市政公所。

1926年，又改为商埠督办公署，拓展城区，开始进行城市建设。

1927年，又将商埠督办公署改为市政厅，潘文华任市长，划定重庆两江上下游南北两岸30华里为市区。但无明确边界。

1929年，重庆从巴县分离，正式建市，编制为国民政府二级乙等省辖市，首任市长潘文华。

1930年2月，二十一军军部明令召集审定市县权限委员会全权办理划界事宜，并由重庆市政府与江北、巴县政府组织市区测量委员会。

1931年，不忍国权丧失、国民受辱的重庆人民，以王家沱日本租界30年租期到期和九一八事变为契机，开展了多次斗争。

1937年11月，中华民国政府颁布《国民政府移驻重庆宣言》，定重庆为战时首都；11月16日，国民政府主席林森，遵循迁都大计，交代属下的文官、参军两处干员，清点好中华民国印信旗幡等重要器物，连夜登船，先离南京而首途重庆；12月1日正式于重庆办公，16日日军攻破南京。在成为“战时首都”之后，重庆成为中国抗战时期大后方的政治、军事、经济、文化中心，抗日民族统一战线的政治舞台，更是世界反法西斯战争远东指挥中心，以及在国际上享有盛誉的“英雄之城”、“不屈之城”。

1938年，英国、美国、法国、比利时、德国、瑞士驻中华民国大使馆移驻重庆。

1939年5月5日，南京国民政府颁令，将重庆升格为甲等中央院辖市（即直辖市），重庆亦是既南京、上海、天津、青岛、北平后第六个中央院辖市，辖区范围大致为今重庆主城区，即渝中区、九龙坡区、沙坪坝区以及江北区、南岸区，而北碚市（今重庆北碚区）为中央行政院和临时政府所在地。

1941年6月5日，重庆市渝中区公共防空大隧道中，躲避日军地毯式战略轰炸的7764名市民窒息死亡，史称“大隧道惨案”。从1938年春到1944年冬，日本陆海军航空部队联合对重庆进行了长达六年多的狂轰滥炸，史称“重庆大轰炸”，其地域之广泛、轰炸之频繁、死伤之惨重、罄竹难书。在如此灾难下，重庆民众绝不向苦难低头的坚毅决心，令世界动容。历经长达6年半的轰炸，重庆没有倒下，大轰炸下的英雄之城感动了不少外国政要。当时，英国首相丘吉尔、美国总统罗斯福、副总统华莱士等，纷纷致电、致信重庆人民，鼓励和歌颂重庆人民的坚毅。12月，中华民国政府在重庆发表文书与纳粹德国宣战，德国大使馆关闭；12月31日蒋介石在渝中区邹容路与五四路口设立“精神堡垒”昭示国民政府与重庆人民抗战到底，这就是解放碑的前身；同年12月至1945年，重庆成为大韩民国（流亡政府）临时驻地。

1945年8月15日，抗日战争结束，国民政府还都南京。在其后的制宪国大中，以法律形式规定重庆为永久陪都。

国共内战时期

1945年抗日战争胜利后，为避免内战、争取和平，国民政府与中国共产党在重庆进行了为期43天的和平谈判，史称“重庆谈判”。

1946年2月10日，在重庆较场口举行“庆祝政治协商会议成功大会”时发生骚乱事件，李公朴、施复亮遭到殴打，郭沫若、陶行知、章乃器和新闻记者及劳协会员等六十余人也被打伤。中国共产党称之为“血案”、“惨案”，而国民政府方面则称之为“较场口事件”。

第二次直辖时期

1949年11月30日，中国人民解放军进入重庆，随后成为西南军政委员会驻地，为西南大区代管的中央直辖市，而当时西南大区驻地亦设在重庆。

1954年7月，西南大区、北碚市并入重庆，重庆直辖市被撤销，重庆从直辖市降为地级市，重庆与四川合并。

四川省省辖市时期

1983年3月3日，国务院【国函字26号】批复撤销永川地区行政公署。将原永川地区的永川、江津、合川、璧山、荣昌、大足、铜梁、潼南8县划归重庆市管辖。

1996年9月5日，党中央、国务院批复将万县市、涪陵市和黔江地区委托重庆市代管。

第三次直辖时期

1997年3月14日，第八届全国人民代表大会第五次会议通过：1、批准设立重庆直辖市，撤销原重庆市。2、重庆直辖市辖原重庆市、万县市、涪陵市、黔江地区所辖行政区域。3、重庆直辖市设立后，由国务院依据宪法和有关法律的规定，对其管辖的行政区域的建置和划分作相应的调整。

1997年12月20日，中共中央办公厅、国务院办公厅批复：1、撤销万县市（及所辖龙宝区、天城区、五桥区），设立重庆市万县区。同时设立重庆市万县移民开发区，相应设置党政机构，代管忠县、开县、云阳、奉节、巫山、巫溪6县。（注：开发区工委、管委会与万州区委、区政府实行一套机构两块牌子，为重庆市委、市政府的派出机构，1998年2月22日挂牌。城口县、梁平县由重庆市直接管理。）2、撤销涪陵市（及所辖枳城区、李渡区），设立重庆市涪陵区。3、撤销黔江地区，设立重庆市黔江开发区。相应设置党政机构，代管石柱、秀山、酉阳、黔江、彭水5个民族自治县。

1998年5月22日，国务院【国函[1998]37号】批复重庆市万县区更名为万州区，万县移民开发区更名为万州移民开发区。

2000年6月25日，国务院批准：1、撤销万州移民开发区，原万州移民开发区代管的奉节县、开县、云阳县、忠县、巫溪县和巫山县由重庆市直辖。2、撤销黔江开发区，原黔江开发区代管的石柱土家族自治县、秀山土家族苗族自治县、酉阳土家族苗族自治县和彭水苗族土家族自治县由重庆市直辖。3、撤销黔江土家族苗族自治县，设立重庆市黔江区，以原黔江土家族苗族自治县的行政区域为黔江区的行政区域。区人民政府驻联合镇。

2001年12月25日，国务院批准撤销长寿县，设立重庆市长寿区。

2006年10月22日，《国务院关于同意重庆市撤销江津市合川市永川市南川市设立重庆市江津区合川区永川区南川区的批复》批准：一、同意撤销江津市，设立重庆市江津区。以原江津市的行政区域为江津区的行政区域，江津区人民政府驻几江街道。二、撤销合川市，设立重庆市合川区。以原合川市的行政区域为合川区的行政区域，合川区人民政府驻南津街道。三、撤销永川市，设立重庆市永川区。以原永川市的行政区域为永川区的行政区域，永川区人民政府驻中山路街道。四、撤销南川市，设立重庆市南川区。以原南川市的行政区域为南川区的行政区域，南川区人民政府驻东城街道。

2011年10月22日，《国务院关于同意重庆市调整部分行政区划的批复》：一、撤销重庆市双桥区、大足县，设立重庆市大足区。以原双桥区、大足县的行政区域为新设的重庆市大足区的行政区域。大足区人民政府驻棠香街道二环北路中段1号。二、撤销重庆市万盛区、綦江县，设立重庆市綦江区。以原万盛区、綦江县的行政区域为新设的重庆市綦江区的行政区域。綦江区人民政府驻古南街道中山路1号。

2014年5月2日，《国务院关于同意重庆市调整部分行政区划的批复》：一、同意撤销璧山县，设立重庆市璧山区，以原璧山县的行政区域为璧山区的行政区域，璧山区人民政府驻璧城街道解放路44号。二、同意撤销铜梁县，设立重庆市铜梁区，以原铜梁县的行政区域为铜梁区的行政区域，铜梁区人民政府驻巴川街道龙都路50号。