元帝初元三年（前46）春又罢珠崖郡，下诏放弃珠崖郡，设置朱卢县，隶属交州合浦郡。
在西汉时期，从汉武帝元封元年置郡设县，至汉元帝初元三年罢弃，前后历时65年，海南岛是在中央王朝的直接管辖之下的。
东汉建武十九年癸卯（43），伏波将军马援平定交趾，往来南海，抚定珠崖，复置珠崖县，属合浦郡，而省朱卢县。
东汉明帝永平十年丁卯（67）又复置儋耳县，珠崖、儋耳2县均隶属于合浦郡，督于交州。加强了东汉王朝与黎族先民的联系。
三国时期，东吴黄龙三年（公元231年），吴大帝孙权派兵平定交州[1] ；吴赤乌年间(238～251)在雷州半岛设立珠崖郡（治今广东徐闻），领徐闻、朱卢、珠官3县，属高州管辖，对海南岛实行“遥领“。吴大帝孙权派兵平定交州东吴时期，广州辖下的4郡外，还包括荆州始兴郡和海南岛[3] 。
晋武帝太康元年（280），省珠崖郡，并入合浦郡。朱卢改为玳瑁。合浦郡领合浦、南平、荡昌、徐闻、玳瑁、珠官6县。属交州。不久废珠官县。
西晋时，雷州半岛和海南岛属交州[3] 。
南北朝时，南朝，宋文帝元嘉八年（431）复立珠崖郡，治徐闻，不久又废。以珠官、朱卢属越州。梁朝武帝大同（535～546）中，在废儋耳郡的地方设置崖州，统于广州。时儋耳归附俚僚首领冼夫人的有一千多峒，冼夫人请命于朝，故置崖州。《北史》和《隋书》均载“海南儋耳归附者千余峒“，是为“海南“一词的最早记载。崖州设置，此事意义重大。从汉元帝罢撤珠崖郡之后，历代州郡治所均设在大陆，对海南地区只是“遥领“而已。至南朝梁时，始在海南本土设置崖州，有效地管辖海南岛全境。
隋朝炀帝时，海南岛共设两郡（珠崖郡、临振郡）十县，珠崖郡治设在义伦县。后从珠崖郡中分出延德、宁远两县、设置临振郡。珠崖、临振两郡，由扬州司隶刺史管辖[1] 。
唐代改郡为州，设崖州、儋州、振州、万安州、琼州等5个州共22个县，统属岭南道管辖。海南简称“琼“系来源于唐代的琼州[4] ，属岭南道 。后属南汉。