明清时期

明代海南设琼州府，领儋、万、崖三州10个县。清代海南建制仍沿袭明代[1] 。
明太祖洪武元年戊申（1368）三月，明军挥师南征，至六月，元朝海南海北道和海南分府元帅归降。同年十月，海南岛改乾宁安抚司为琼州府，并改吉阳军为崖州，南宁军为儋州，万安军为万州，3州隶于琼州府，仍属广西。不久又将南建州改为定安县。洪武二年六月，改广东道为广东行省，并将海北海南道改隶广东，雷州半岛、海南岛从广西划拨广东管辖[3] 。
洪武九年，海南岛属海南道。
正统四年（1439）六月，儋州附郭（州治所在地）宜伦县并入儋州，崖州附郭宁远县并入崖州，万州附郭万宁县并入万州，也就是说，州治所在地的县，归并入州，其地由州直接治理，以免机构重叠。琼州府领3州10县，并成了明代的定制。
明代南海诸岛改归崖州管辖。
明代还把“归附“的黎族编入图、都、乡等基层组织，隶于州县，和汉人一样纳粮当差。
清初承袭明制，西沙群岛（时称“千里长沙“）和南沙群岛（时称“万里石塘“）隶属于琼州府的万州管辖。南海诸岛自古以来就是中国的领土[3] 。
清代，于海南设置琼崖道。下属琼州府（治今琼山府城镇），领1州8县：琼山（治今府城）、澄迈（治今老城镇）、定安（治今定城镇）、文昌（治今文城镇）、会同（治今琼海市东北）、乐会（治今琼海市东南）、临高（治今临城镇）、儋州（治今中和镇）。
崖州直隶州（治今三亚市西北），崖州归隶琼州府，光绪三十一年（1905）升为直隶州。领4县：感恩（治今东方市南）、昌化（治今昌江黎族自治县西）、陵水（治今陵水黎族自治县）、万州（治今万宁市）。万州光绪三十一年降州为县。
清代在海南设琼州府，辖3州10县，故史称“十三州县“。清末改设一府，1直隶州，1州，11县。
1858年6月27日签订的《中法天津条约》共42款，另有《和约章程补遗》其中增开琼州（今海口）、潮州、台湾、淡水、登州、江宁六口