早在远古时期，准格尔旗就有古人类活动的足迹。考古学家在准格尔旗纳林川畔和黄河沿岸发现了不少旧石器早期的石器遗存。证明在旧石器时期，准格尔旗地区已有了古人类活动。他们在这里生活繁衍，过着以狩猎为主、采集为辅的群体生活。新石器时期（距今七千年前至四千年前），仰韶文化人群先后从陕西、河南等迁入鄂尔多斯地区垦荒种田，把这里辟为农业区。这一时期的人类遗存遍布鄂尔多斯高原，准格尔旗就有坟玛、窑子粱、官地、阳湾、贺家沙背、张家圪旦等遗址。到了龙山文化晚期阶段（距今四千多年前），岱海老虎山文化后裔在鄂尔多斯落户，同时晋南、关中地区同期文化人群及后来的青海、甘肃地区齐家文化人群东进也来到鄂尔多斯地区。当时鄂尔多斯高原的生态环境正由森林草原向草原环境演变，气候逐渐变冷，促使农业经济向半农业经济发展。这一时期最具代表性的文化遗址准格尔旗有永兴店、二里半、大口。直到距今三千五百年左右，准格尔旗同鄂尔多斯其它地区一样，逐步转变为以畜牧业为主的社会经济状态。