清顺治六年（公元1649年），清廷将鄂尔多斯部落分为鄂尔多斯左翼前、中、后和鄂尔多斯右翼前、中、后6个札萨克旗。鄂尔多斯左翼前旗，俗称准格尔旗。至此，准格尔旗初建旗政，由扎萨克总理旗务。

准格尔旗王爷府

顺治年间，清朝皇帝为加强对鄂尔多斯部落的控驭，将长城以北50里宽，东西约2000里长的的地带划为禁地，俗称“黑界地”。明确规定汉族农民不得逾越长城进入鄂尔多斯牧地，鄂尔多斯牧民也不能进入这块禁地，更不能越过长城进入汉族地区，使准格尔旗的南界进一步得到强化。

康熙36年（1697年），清廷准许陕西北部汉民越过长城在“黑界地”里耕种，每年向盟旗王府交租银。到雍正八年（1730年）又准许汉民在长城以北50里以内越界农耕，于是准格尔旗的农田逐步增大，牧地开始缩小。