萨三中始创于1954年，是由从朝鲜前线复员转业回家乡的白生贵同志创办的一所民办学校，校名为“萨拉齐民办高小”，校址在萨拉齐大南街二道巷，教室及办公室是租赁的民房，设置高级小学课程，共2个班、约120名学生。1958年响应党中央的号召，实行“两条腿走路”的办学模式，“萨拉齐民办高小”改名为“萨拉齐耕读中学”，办学规模逐渐扩大。1982年9月在土右旗政府和萨拉齐城关镇的支持下，新建“萨拉齐城关中学”，校址即现萨三中所在地，1982年9月耕中和地处萨拉齐老爷庙对面的旧三中合并。此时，学生人数近600人，教职工人数近50人。于1986年，萨拉齐城关中学又更名为“萨拉齐镇中学”，又于1988年，萨拉齐镇中学再次更名为萨拉齐第三中学，学校由集体所有制学校变为全民所有制学校，同年萨拉齐第一中学的职业高中班迁到萨三中办学，此时学生人数达700多人。
20世纪90年代，是中国经济突飞猛进的年代，教育改革的号角吹遍华夏大地，三中人响应邓小平同志提出的教育要“面向世界，面向未来，面向现代化”的伟大号召，顺应历史发展的潮流，随势而发，大胆改革实践，为三中的腾飞插上了理想的翅膀。于1997年建成了集办公、教学为一体的700多平方米的二层楼房；2001年建成了集实验、教学、办公为一体的5958平方米的综合大楼，使萨三中的硬件设施有了较大的改善。1999年9月萨三中职业高中班剥离并入新建的“土右旗职业高中”，原职高教师随之分流。