呼伦贝尔市区的教育发展程度较快，区域内的初等教育已经全面得到了普及，小学及初中的入学率达到了100%。高中及中专的入学率达到了70%。高等院校有：二等本科院校——呼伦贝尔学院，内蒙古大学满洲里学院，呼伦贝尔职业技术学院。

该市拥有高级中学共47所，如海拉尔二中、海拉尔实验高中、牙克石一中、牙克石林业一中、海拉尔三中、扎兰屯一中等。其中海拉尔二中，年年高考成绩惊人位列呼伦贝尔市第一，内蒙古自治区第二，仅次于呼和浩特二中，曾培养出中央电视台著名主持人白岩松等优秀人才；牙克石市第一中学则是管理先进高中，两所高中相继培养出大批清华北大学子。

呼伦贝尔市有中等职业学校多所，如海拉尔第一职业技术学校、扎兰屯幼儿师范学校（原扎兰屯师范学校）、扎兰屯农牧学校、扎兰屯林业高中、牙克石林业师范学校、呼伦贝尔市卫生学校等。其中被称为“蒙东地区教师摇篮”——扎兰屯幼儿师范学校，自一九四六年建校来，为内蒙古教育事业做出了杰出贡献，每年为蒙东地区培养优秀的高中、初中及小学教师，使蒙东地区的教师资源得到了充足，共为社会培养教育事业人才20000余人