潘埙一入仕途，即为言官。所谓言官，主要是给事中。明代给事中分为吏、礼、工、刑、户、兵六科，掌侍从规谏，纠察六部之弊误。朝中官员有违错犯法者，要及时检举揭发。皇帝要发布有关圣旨，按正常规定，也要事先写好封起来送给给事中看，如无与朝廷制度违碍，或不伤大政者，方请皇帝下发。一句话，就是负责向皇帝提意见，监察百官和朝廷举措当否，是一个专门寻人(按照规定，包括皇帝在内)不是的角色。这是一个职级很低(给事中、左右给事中均从七品，都给事中才七品，相当于一个知县的职级。)而权重的官，但又是很不讨喜的官。朝中出了奸佞，不提意见就被认为是失职，提了意见就得罪人，因而极易得到权要甚至皇帝的忌恨。历史上因言得罪甚至被杀头者也不在少数。当时的正德皇帝少年登基，不守祖宗法度，亲近小人，任意胡为，好私出游狎。曾不通知任何人，私出宣大；曾挟妓刘凤姐游江南，有一出《游龙戏凤》的戏就说的是他；曾授意吏部议封自己为大将军，在别人已俘获叛逆朱宸濠以后，还搞什么“御驾亲征”。他是一个不听人劝，喜欢随意惩治臣下的皇帝。潘埙一当官，就在这一　背景下充当谏官这一角色，因而他的任途注定要充满艰险。
然而，他出于忠君和国家利益，忠于职守，不畏艰险，性刚决，敢于直言，弹劾无所阿避。可能他在观政期间，就会“多嘴多舌”，即被权贵所忌，所以当一被授职时，正值太监刘谨乱政，刘嗾使别人将他改为试职。但他所上的第一疏弹劾刘瑾，提出要“除蠹，饬武，励宪司，正朝廷四事，以开言路。”正德9年，乾清宫火灾后，他上疏要皇帝“开聪明，决听纳，以回上天意。”反对皇帝“好勇、好货、好土木。”反对开皇店、建豹房和供佛。11年正月，正德皇帝祭祀天地以后，他又上疏劝谏，说“今陛下春秋已盛，更弦易辙，此其时也。昔太甲居桐，处仁迁义，不失中兴。”此疏遭到宵小怀恨，他们]对皇帝说，以太甲比附当今皇帝极为不妥。皇帝大怒，叫人将潘的名字写在御屏上，意在记住他，待机惩冶。此年8月，不须任何人建议，皇帝亲自下旨，将潘升一级外用。此旨一出，举朝大骇。尽管有人“交章请留”，终难挽回君心。正德皇帝此举为明升暗降，意在拔除令其头疼眼中之钉。以升不以贬，防止以后有人说潘无故被贬而再起用也，其意甚毒。潘埙在朝八年，弹劾过不少大臣，如都察院御史王鼎、南京兵部尚书刘机、兵部尚书何鉴、保定巡抚甯杲、兵部侍郎陆完等。还弹劾了佞幸江彬、朱宁、毛伦。他得罪了这么多人，被排挤出朝是必然的事。
潘埙是个很称职的给事中。他上的疏表，不少被记入了《明史》本传、《明实录》等典籍。此外，他又编了一卷《谏垣奏议》，收录了全部疏稿。内容“为勘覆者二，为陈情者一，为封驳者十四，为献替者十七。”漕运总督唐龙作序说，潘有唐代陆贽之忠。吴承恩作跋云，潘有“经世之略，福民之心”，“皆本之仁义，而行之以至诚。”“真无负于谏”。
二、平河南之“盗”，有功而被黜
潘埙有济世才，办事干练。他到了开州，人们很重他的名气，不以迁客对待，他亦认真办事，均赋税，清讼牒，督察赈济。在南太仆寺，尽革马政丛弊。嘉靖登极，诏起废官，得复职都给事中，升陕西右参政。督修《武宗实录》，监造版图，逐贪污，兴水利，决定疑狱，政绩显著，声望渐重，受到朝廷上上下下的重视。杨一清推荐他任宁夏巡抚，吏部推升他任江西廉使，均未果行。但这几年他的确升官很快，不久，任山东、浙江布政使，随即升河南巡抚，时在嘉靖七年正月。
此时灾荒，民众占据险要山头造反。尤其是河南山西之间统治者控制薄弱的地方，最为厉害。如山西平顺，当年为潞安府，其青羊山，为“巨盗”陈卿所踞，官府围剿多年未平。潘埙来河南以后，被命统山东、山西、河南数省兵力进剿。潘即驰至黎城，与众商议后，认为“贼负固守险，难于阵合，须两省并进，六路夹攻，出其不意，夺其险要。”潘定计画策后，于9月19日，规定各路进攻方向路线，并明确严格的纪律，誓于众曰：“贪财掠夺者杀无赦，贪功妄杀者杀无赦，争夺首功自相蹂躏者杀无赦。”约定于10月6日进剿。接着，潘埙在林县，先期发兵进攻，旦夕鼓噪，扰乱敌心。至期，各路齐发，一举成功。潞安自此改名为平顺县。
在青羊山之役中，潘埙立下了汗马功劳，理当受赏，继续升迁。但结果正好相反：勒令致仕，永不叙用。其原因是这场战斗违背了当权者的意志。当潘埙画策已定，决定进攻之时，吏部尚书桂萼主抚。大捷以后，桂已入阁大学士，大权在握，怀恨潘不附己，即令给事中蔡经，弹劾潘，以“失赈饥民”的罪名，于8年3月，将潘赶回老家。归后三天，夏言奏河南之功说，“平贼经画，尽出都御史潘埙，宜升赏。”桂萼不悦，仅赏潘银三十两，紵丝三表里。此后，许多大臣多次上疏推荐潘出山为官，均无成功。潘埙的政治生涯就这样在戏剧性高潮中，嘎然而止，一下子结束了。

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