五六千年前：南通陆地——海安如皋陆地始有人群居住。

沙洲并陆连接：
①晋朝~南北朝时期——今如东一带有一块叫扶海洲的沙洲， 沙洲与扬州东部沙咀的并接是南通成陆史中的第一次沙洲连陆大并接
② 晋朝~南北朝时期——今 南通市区一带涨成沙洲——壶豆州（壶豆州）胡逗洲的东边还有南布洲、长沙、东社洲等沙洲。胡逗洲先后与这些沙洲并接，不断扩大自己的范围。胡逗洲与其西北边的如皋大陆并连，这是南通成陆史中沙洲连陆的第二次大并接，长江北岸延伸到今余西一带。10世纪中期，后周在这里设立通州（府）领静海、海门县（并非现海门的前身，而是现通州区的中东部地区及启东市和海门市的北部地区）。
③11世纪中期，东布洲的连陆是南通成陆史上的第三次沙洲大并接。唐初到五代，长江口有东沙、西沙、东洲、布洲等沙洲，西沙又称顾俊沙。东洲与布洲是五代初长江口的两个较大的沙洲。东洲和布洲并接后称东布洲，东布洲与顾俊沙及一些小沙洲合称海门岛，通州属地。
④元末到清初，通州东部江岸发生大规模坍塌。海门废县为通州府海门乡。17世纪末到18世纪初，从通州余西到余东（今吕四、东灶）一线以南的长江中，一个个沙洲纷纷出水，至18世纪中期建立在新涨沙洲上建军海门直隶厅，此后，海门厅及其以东、以南的沙洲，逐步与通州大陆连接，（海门县形成）这是南通成陆史上的第四次大并接。
19世纪末20世纪初，现代南通的境域形成。
清 雍正三年（1724年）改通州为直隶州，辖泰兴、如皋两县，隶江苏市政使司；乾隆二十六年（1761年）改隶江宁市政使司。

辛亥革命后废州立县，设“南通县公署”。1914~1927年，南通、如皋、靖江、泰兴等县为苏常道辖，海门、崇明等归沪海道辖。1934年设立南通行政督察区专员公署，辖南通崇明、启东、海门、如皋、靖江六县。
抗日战争时期，1941年3月在南通县北兴桥建立抗日民主政府，解放战争期间，设通东、通海、通西、通如行署，在如东掘港建立苏中第四行政区专员公署，曾改建苏皖（华中）一、九行政区。
建国后：
①析南通县城区、港闸地区及近郊置南通市，其余长江以北大部仍为南通县，南通县城迁至金沙镇（长江以前部分为沙洲县）。
②析海门县东部（另划入南通县东部，崇明县北部）置启东县，其余大部（另划入南通县的东南部）仍为海门县
③析如皋县东部置如东县，北部（另划入东台的西部）置海安县，其余（另划入南通县的西北部）仍为如皋县
1949~1952苏北行政公署南通专区辖：南通市、南通县、海安县、如皋县、如东县、海门县、启东县、崇明县
1952~1958江苏省南通专区辖：南通市、南通县、海安县、如皋县、如东县、海门县、启东县、崇明县（1958年崇明县从江苏省南通专区划给上海市）
1959~1962江苏省南通专区辖：南通市、南通县、海安县、如皋县、如东县、海门县、启东县
1962~1970年：1962年南通市列为省辖省管（并脱离南通专区）南通专区辖：南通县、启东县、海门县、如皋县、如东县、海安县。
1970~1983年南通地区辖：南通县、启东县、海门县、如皋县、如东县、海安县。南通市省辖省管
1983~1989年（1983年2月南通市与南通地区合并，实行市管县体制）南通市辖：崇川区、港闸区、南通县、启东县、海门县、如皋县、如东县、海安县。
1989年以后南通市属有四个县撤县建市：撤南通县建通州市（县级）、撤启东县建启东市（县级）、撤海门县建海门市（县级）、撤如皋县建如皋市（县级），四县级市计划单列仍由南通市代管。
2009年2月撤通州市设南通市通州区。