万州区位于长江上游地区、重庆东北部，处三峡库区腹心，属长江上游区域中心城市。万州区东临云阳县，南接石柱土家族自治县和湖北省利川市，西频忠县和梁平县、北界开县和四川开江县。
万州区幅员面积3457平方公里，城市建成区面积57.6平方公里，城镇化率59.76%。万州区位独特，历为川东、鄂西、陕南、黔东、湘西的重要物资集散地，距重庆主城区和湖北宜昌200公里以上，是200公里半径范围内唯一超过80万人口的中心城市。交通便利，长江黄金水道穿境而过，拥有机场、铁路、高速公路、深水港码头和海关口岸，万州轨道交通也即将兴建。

万州区境内河流、溪涧切割深，落差大，呈枝状分布，均属长江水系。长江自西南石柱、忠县交界的长坪乡石槽溪入境，向东北横贯腹地，经黄柏乡白水滩流入云阳县，流程80.4公里。境内流域面积在100平方公里以上的河流有江北的苎溪河、渡河、石桥河、汝溪河、浦里河，江南的泥溪河、五桥河、新田河共八条，溪沟93条，总水域面积为108.66平方米。[4]