集美医院是由爱国华侨领袖陈嘉庚先生独资创办的集美学校医院发展而来的，它创建于民国八年(1919)九月，直至“文革”初它一直隶属于集美学校董事会，1968年2月改隶厦门市郊区卫生科，1985午8月22日划归厦门市卫生局管理。
医院发展可分为开创，迁移，恢复和振兴四个时期。
随着陈嘉庚先生兴办集美学校事业的拓展，民国七年(1918)集美师范、中学成立伊始，学生染疟疾及脚气病者甚多，影响学习。翌年，特置校医室以司治疗，先后延请王镜如，陈朝宗等担任医生；民国九年(1920)，校医疗室改为医务处，同年九月独立为医院，院舍“集贤楼”同时落成，共二层十八间，设有内外科，药房，注射室、产房和六张病床。民国十一年(1922)二月聘陈朝宗为主任，医院设置主任自此始。民国二十年(1931)七月，医院改组，聘泉州惠世医院院长叶启元为主任，校医由初建时的1?2人发展到6人。
随着集美学校的不断发展，医院各项工作日益改进。民国二十一年(1932)初制定了“诊病规则”，仅该年一年中就诊治病员24674人次，接生234人，住院病人129例。医院除诊治病员外，还定期进行各种预防注射，以民国二十一年(1932)为例，，共接种牛痘513人，鼠疫预防注射1203人，霍乱预防注射205人。
集美学校设立医院，是为谋公共卫生及增进教职员工和学生健康而设的，初创时一律优待免费，后虽酌量征收，亦甚微薄，故本乡外乡人民就医者殊属不少，自叶启元主任莅职以来，更是名震遐迩，泉州、南安、安溪，厦门等地来院求诊者络绎不绝。民国二十一年(1932)二月，校董会决议修正医院收费办法，收入激增，弥补了医药费的支出。
民国二十六年(1937)卢沟桥事变爆发，同年十月，日寇占领金门，集美成为前线。在敌机敌炮的轰击下，集美学校被迫迁往内地。医院也随校迁移，陆续在安溪、后溪、大田，诗山等地设立了四个分院。抗日战争胜利后，民国三十四年(1945)医院随校迁回集美，聘请刘振英为主任，将美术馆增为院址，全院共有工作人员十七人，设有内科、外科，小儿科、妇产科等。校董会还拨巨款购置高倍显微镜，腹腔外科手术器械、产科手术器械，手术床和产床等，住院部的病房和病床也有很大增加，成为集美附近四十余里之内惟一的医院。
为解决战后广大师生员工及当地群众的困难，医院对患者重新实行减费或免费治疗，因而业务十分繁忙。仅民国三十五年(1946)全年就诊病员达15，873人次，住院病人149例。同时，医院还努力搞好预防保健工作，利用集合时间及卫生课，讲授防疫常识，利用民众夜校，灌输卫生知识，劝导广大师生和群众接受各种预防注射，收到良好效果，并多次发动清扫环境卫生、灭蚊灭蝇等活动。
新中国成立后，在党和人民政府重视和陈嘉庚先生的关怀下，医院规模逐步扩大，新建病房一座，面积300平方米(即现在的制剂室)，开设床位50张，添置一台200毫安X光机，并充实手术室，检验室的设备。医院设医务护理，事务二部，医务部分内外科、中医、妇产、小儿科及X光，手术，检验三室。全院人员52人。日门诊量约200人左右，住院患者常在400人以上。能开展普通外科手术和难产剖腹手术，子宫肿瘤切除手术等。此期医院还承担集美地区的卫生防疫工作，配合各校开展爱国卫生运动。
1956年元月1日，陈嘉庚聘请各校领导及有关同志17人组成“福建省厦门市私立集美学校委员会”，医院隶属校委会。1985年8月22日起集美医院改为厦门市属医院，归厦门市卫生局管理。2004年，与第二医院合并后，称厦门第二医院，又称嘉庚医院。