（1）长途运输，运输成本较大。农夫山泉坚持水源地建厂，水源地生产，在远离都市的深山密林中建立生产基地，全部生产过程在水源地完成。每一瓶农夫山泉从生产工厂到消费者市场，都经过了漫长的运输线路，从大自然远道而来。优质水源区往往被保护在那些深山老林里，远离城市运输枢纽，很多地方的产品运输半径都超过500公里。农夫山泉的这种生产模式无疑增加了很多运输成本。农夫山泉的董事长钟睒睒曾在《第一财经周刊》访问时透露，农夫山泉每年支付的运输费用占到其总成本的20%，除运费外农夫还要向当地缴纳相当数额的税收，运费达到可口可乐的三倍。物流人士介绍，一箱24瓶(标准箱)600毫升瓶装水目前的物流成本为每百公里1元到1.5元。例如北京到天津150公里，物流成本已占到7.5%。饮用水在饮品中利润最低，2008年时物流配送成本涨幅高达38%，如果运输距离超过200公里就很难有价格优势可言，而且补货也变得困难。

（2）产品损耗较严重。农夫山泉矿泉水销售过程中的第一步出厂以及最后一步进入零售端的运输都是靠汽车运输的。汽车运输固然灵活性更高，市场响应快，但同时也增加了成本，更重要的是加大了产品损耗。瓶子扭曲变形磨损严重、无盖空瓶散落、包装盒遇水后开胶等等现象在农夫山泉运输过程中都是比较常出现的。

（3）物流系统建设还不完善。农夫山泉在物流调度时往往会花一些冤枉钱。比如产品（350ml饮用水）在某个城市的销量预测不到位时，公司通常会通过大区间的调运来弥补终端货源的不足。

华北往华南运，运到半道的时候，发现华东实际有富余，从华东调运更便宜。但很快发现对华南的预测有偏差，华北短缺更为严重，华东开始往华北运。此时如果太湖突发一次污染事件，很可能华东又出现短缺。销售信息和生产信息交互不完全，无法实现及时更新各市场信息，在进行物流调度的时候很容易出现偏差。

运用现代化的物流信息系统控制和降低物流运输成本。信息技术的关键在于提高信息的收集、处理、传播的速度以及信息的准确性，实现信息的共享，有效减少冗余信息传递。通过运输管理系统（TMS）和其他管理信息系统实现有效对接，使运输环节作业或业务处理准确、迅速；也有利于建立起物流经营统一战略系统，通过信息系统的数据汇总，进行预测分析，控制和降低物流成本；同时可以做到与用户需求信息资源的共享，应对可能发生的各种需求，及时调整运输计划，避免无效作业，减少作业环节，消除操作延迟，从而在整体上控制物流运输无效成本发生的可能性。

(4)仓储的成本过高以及人力成本上升过快，现在物流业越越来越发达，但是仓储的规模与管理水平在一定程度上没有跟上脚步，导致大量的物流产品涌入有限的仓库，据杭州农夫山泉配送负责人讲，农夫山泉产品成本和产品价格基本上没有变化，但是仓储成本的上升一定程度上挤压了原有的利润空间，再加上现如今过高的人力成本，尤其是杭州这种一线城市人力成本更高，无意也挤压了相当的利润空间。