海门属长江流域范围，紧靠长江入海口，境内河网密布，水资源丰富。主要河道为人工河道，形成三横七竖的格局。三横从北向南依次为通吕运河、通启运河和海门河，为境内最主要的三条河流，均为东西走向；七竖自西向东依次为新江海河、浒通河、青龙河、圩角河、大洪河、大新河、黄家港——灵甸河，均为南北走向，境内其它小河多数呈南北走向与这七条河流平行等距分布，区域内的河道已全部连通。海门因其特殊的地理位置，拥有丰富的江海滩涂湿地资源。黄海滩涂总面积9.7万亩，长江滩涂总面积11.90万亩。部分滩涂已被开发利用于水产品养殖。境内森林资源相对贫乏，野生动植物资源也相对贫乏，据农林部门调查，本区内共有野生植物31科126种，多为草本植物；陆生野生动物42种，分布于3门7纲；淡水野生动物主要是鱼类，有20种，分布于11科，主要的品种有日本鳗、中华鲟、河豚、大银鱼等。