贵港市地处珠江水系，常常受到上游洪水影响。浔、郁江河段自西向东贯穿全市，南北面为丘陵和山区，中部为广西最大的平原浔郁江平原，地形地貌上以喀斯特地貌为典型，北面为山区地带，南面为丘陵，地形上总体呈现北高南低。西江水系的干、支流，黔、郁二江相汇在桂平市城郊下游约2.0 km处，（下称西江的浔江河段）。郁江在贵港市境内长185km，黔江、浔江在贵港市境内分别长60km和80km。

境内主要山脉有大瑶山、大容山、莲花山、镇龙山四支。大瑶山余脉盘桓于桂平市和平南县，最高峰的亚婆揽孙峰，位于平南县与金秀瑶族自治县交界处，海拔1581米，另在桂平的高峰洪水顶，海拔1313．6米，大容山在桂平东南部，最高峰为三县顶，海拔1257米。莲花山脉连贯港北区和桂平市，最高峰位于港北区的大平天山，海拔1158米，另在桂平的高峰凤凰山，海拔815．2米。镇龙山脉位于覃塘区，主峰镇龙山，海拔1140米。