这是“良渚圣地”公园的核心部分，由博物馆主体建筑和周边的主题园林组成。它们是“良渚圣地”园林景观的重要组成部分，博物馆主体建筑由世界著名建筑大师设计，其本身就以独特审美价值，成为“良渚圣地”不可或缺的藏品。博物馆依山面水，在建筑样式上，既体现了当代先进的建筑设计理念，又体现出良渚文化内在精神在时空良渚文化村上的延续；既有鲜明的个性特点，又完全融入自然山水之中，与周边环境得体地对话，成为一道“自然的”风景。在内部单元的组成上，充分考虑当代先进博物馆在教育普及、学术研究和收集保管三个方面的要求，设有基本陈列室、临时展室、影视报告厅、学术会议室、观众服务设施和休息区域、贵宾接待室、阅览室、技术用房、行政用房等。同时，通过恰当的造园手段，使内外空间自然过渡，内景、外；景互相呼应。在展示手段上，采用考古文物陈列、多媒体演示、场景仿真模拟、专题片放映、面和立体图表的示意等多种手法，配合现代的声光系统，以求给观众清晰的印象和直观的感受。