汉代《水经》载有广溪峡、巫峡和西陵峡，但汉代“三峡”作为地名还没见于书面。西汉扬雄《蜀王本纪》：“时巫山峡雍而蜀水不流，帝令鳖灵凿以通江水也。”对今三峡习惯称巫山峡。到东汉末魏晋时期才习惯称三峡。北魏郦道元《水经注》卷三十四引渔家民歌：“巴东三峡巫峡长，猿鸣三声泪沾裳。”《古今乐录》也有“巴东三峡猿鸣悲，猿鸣三声泪沾衣”之句。

巴东之称源于三巴之称，东汉末三巴之称已较流行。建安六年（公元201年）便分置了巴东郡，三国谯周著有《三巴记》。可见东汉末三峡作为地名估计已广泛在民间使用了。三国以后三峡作为地名已广泛使用于书面，《太平御览》卷一三六《徵应》引《蜀记》：“鳖灵乃凿巫山，开三峡口。”

汉晋南北朝以来，关于巴东郡之三峡的名称是十分混乱的。《荆州记》载巴东三峡是巫峡、秭归峡、归乡峡，但《水经》载巴东三峡是“江水又东径广溪峡……江水又径巫峡……江水又东径西陵峡”。由此可知汉晋南北朝时今瞿塘峡称广溪峡和巫峡，今巫峡称归峡、巫峡，今西陵峡称归乡峡、西陵峡。

唐初今三峡从西向东仍称广溪峡、巫峡、西陵峡。杨炯诗有《广溪峡》、《巫峡》、《西陵峡》三首可为证。不过，盛唐时李白、杜甫、刘禹锡等文人的诗皆直言瞿塘峡，即可看出今瞿塘峡得名在盛唐时。五代时的《玉堂闲话》中具体谈到三峡中的瞿塘峡是直呼为瞿塘峡。

北宋时期今瞿塘峡又叫西陵峡，今西陵峡又叫归峡，《太平寰宇记》卷一四八《夔州》：“三峡山谓西峡、巫峡、归峡。”同条又称：“瞿塘峡，在东一里，古西陵峡也。”从以上可以看出今西陵峡又叫归峡，但仍有西陵峡之称，故《太平寰宇记》卷一四七《峡州》：“西陵峡在县西北二十五里。”南宋《方舆胜览》卷五七《夔州》仍称：“三峡，谓西峡、巫峡、归峡……瞿塘峡，在州东一里，旧名西陵峡……巫峡，在巫山县之西……”不过大概在南宋时今瞿塘峡已不常称为西陵峡了，所以陆游《入蜀记》、范成大《吴船录》及陆游的许多诗文中都称今瞿塘峡为瞿塘峡,明代《警世通言》中谈到王安石智辨峡中水的故事，将三峡分为上峡、中峡、下峡，好像宋明时期民间还有上、中、下峡的习惯称呼。明清时人们对于三峡的名称趋统一，开始习惯称今瞿塘峡为夔峡和瞿塘峡，今巫峡为巫峡，今西陵峡亦为西陵峡。