学校始建于1958年，校名为“沧县专区医学院”，大专建制。1959年，沧州与天津两地区合并，学校更名为“津沧医学专科学校”。

1961年6月，更名为“河北沧州医学专科学校”，隶属河北省卫生厅领导。

1962年，学校由大专改制为中专，更名为“河北省沧州医士学校”。

1963年，更名为“河北省沧州卫生学校”。

2001年，经河北省教育厅批准，确立该校为“河北医科大学沧州分校”，同时续用“河北省沧州卫生学校”校名。

2004年5月，经国家批准升格为“沧州医学高等专科学校”。根据2014年12月学校官网显示，学校占地面积1024亩，校舍建筑面积26万平方米，绿化面积460亩。教学仪器设备价值7600万元。馆藏图书80余万册，电子数据库14个，中、外文期刊1000余种。