1942年7月26日，中央下达《关于各战略单位开展整风的通知》，要求开始实行整风运动。次年，新四军开始作出相应的部署。陈毅对于整风这套东西是深有感触的，他说：“希望不要把整风变成整人！”他在整风会议上多次提及井冈山时期的红一方面军的肃反扩大化的事情，提醒各位军事主官和政委注意把握原则。使饶漱石大为不满，他告诉政治部要把陈毅的一言一行都详细记录，报送少奇和毛泽东，他还和彭雪枫说：陈毅经常吟诗作词，资产阶级的作风不改，迟早要跌跟头的。

1943年6月2日，中央再度电示军部要求对师长以上干部开展整风。饶漱石在新四军内部有“ 大眼”之称，意为严厉，公开的顺口溜是：天不怕、地不怕，就怕饶主任找你去谈话，谈话就谈话，谈话就把主义挂！饶漱石在新四军内部的威风是出了名的。

此时，饶漱石和陈毅分工，饶漱石主抓整风，亲自去谭震林、罗炳辉的第二师去蹲点，而陈毅主持军部工作。事情就此而起：陈毅和曾山、赖传珠在饶漱石走前开了一个军分会会议，会上，饶漱石提出自己的兼职过多（16个），可否电请中央给予其他同志负责一些。陈毅说你指的是那些职务？饶漱石说除了华中局书记和政委以外都算是，政治部的工作你们看着办。所以，当饶漱石去二师蹲点以后，陈毅和赖传珠、曾山、张云逸商量此事，会上大家一致同意免去饶漱石的兼任政治部主任一职。并且由陈毅起草电文给予中央汇报。饶漱石在二师知道情况以后，陈毅的电报已经发出，饶漱石大怒，立刻给毛泽东、刘少奇、任弼时发电，因为，饶漱石有专门的电台和专用密码本，所以，当天中央就知道此事，饶漱石控告陈毅谋夺领导权，请示中央对陈毅开展整风。中央复电同意。

当月，饶漱石给各师打招呼，要求赶往军部开整风扩大会议，传达中央指示，饶漱石公开点名批判陈毅，列出十大罪状，头一条就是反对毛泽东！会上除了粟裕、黄克诚以外，各师首长都表态支持饶漱石代表中央的做的发言。粟裕、黄克诚的提法是在完全弄清真相以前不要向下扩散。对此，饶漱石不同意。整风会持续一个多月，中央回复给饶漱石的电文同意饶漱石的建议：暂且由副军长张云逸代理军长。

1943年11月25日，陈毅被迫离开新四军，赶赴延安参加七大，走前无一人为他送行，因为大家根本就不知道！陈毅走后，饶漱石把陈毅的问题扩大到团一级，全军开展陈毅的批判会。在这里，我们有必要提一下粟裕和黄克诚，粟裕开始的时候就是抱着怀疑的态度，最后，饶漱石按照战斗系列（粟裕是一师师长兼政委）要粟裕讲话，粟裕说：“陈军长这个人大家都是了解的，还是大家多谈谈，而且，这件事也不是什么大不了的事，说开了，就解决了。” 而性情暴烈、直率的叁师师长黄克诚则公开叫板饶漱石，说饶漱石整人、心胸狭隘等等，言语特别激烈。饶漱石决定处理黄克诚作为典型上报中央，刘少奇代表毛泽东回复反对，饶漱石这才作罢。