保护区位于三江平原腹地，宝清、富锦、友谊三县及五九七农场交界处，低洼的地势，纵横交错的河流、泡沼、闭塞的地理位置，使其保持着较为完整的原始沼泽湿地生态系统及其自然地理景观，孕育着丰富的动植物资源，对调节七星河、挠力河水量，保持地下水位，调节局域气候，维持区域生态平衡及促进生态环境的良性发展起着重要作用。特别是三江平原经过40余年大规模农业开发，湿地资源受到了严重破坏，三江平原自然景观和生态环境发生巨大变化而迫使人们重新认识湿地的重要性，加强湿地保护的形势下，七星河自然保护区显得格外重要。它不仅是目前为数不多三江平原宝贵的湿地资源最具代表性、最完整、认为干扰最小的一部分，是三江平原原始沼泽湿地生态系统的缩影，而且由于气候、地形、水文等综合原因，使其具有以深水沼泽为主体各种类型齐全，演替趋势明显，较为典型的内陆湿地和河泡水域特征，是重要的水禽栖息和迂途停留地。保护区内有国家一级保护动物4种，国家二级保护动物17种，中日候鸟保护协定中保护的鸟类27种，具有典型性、稀有性、多样性和自然性，在候鸟栖息的种类和数量上具有国际性，是三江平原宝贵的自然地理景观遗产。

宝清七星河国家级自然保护区的建立，不仅对三江平原湿地保护、充分发挥湿地的生态调节功能、维持周边地区及三江平原整体区域的生态平衡，保持生物资源及促进生物多样性进一步恢复和发展有着重要意义，而且为人们提供旅游度假场所，提供科研、生态保护教育、科学基地，提高人们热爱自然、亲昵自然、保护自然的环境意识，为国际湿地保护研究和学术交流提供物质基础，为今后我省乃至我国生态环境保护工作，为三江平原资源、环境与社会经济协调和可持续发展起着积极的促进作用。