南京大学的百年历史，大致可以分为三个时期，其一为三江师范学堂至国立东南大学时期（1902～1927），其二为国立中央大学时期（1927～1949），其三为南京大学时期（1949～2002）。南京大学的另一个来源是金陵大学，从1888年汇文书院成立，至1952年与南京大学合并，金陵大学历经64载春秋。因此，《南京大学百年史》大略分为四编，即：第一编：三江师范学堂至国立东南大学时期（1902～1927）；第二编：国立中央大学时期（1927～1949）；第三编：南京大学时期（1949～2002）；第四编：金陵大学（1888～1952）。

南京“地连三楚，势控两江”，凭借万里长江天堑，又得紫金、幕府等群山屏障，江山雄奇，人杰地灵，令出使东吴的诸葛亮登临揽胜后连连击节赞叹：“钟山龙蟠，石城虎踞，真帝王之宅也。”自三国东吴孙权在此建都并依山而筑石头城以来，东晋、宋、齐、梁、陈、南唐、明、太平天国、中华民国等都将南京作为都会，因而南京不但有“十朝故都”之称，而且跻身中国“六大古都”之列。

1903年清廷管学大臣张百熙奏请添派张之洞会商学务。因此，刚刚离开江宁返鄂的张之洞很快奉旨北上京师，与张百熙、荣庆等修订光绪二十八年制订、但未能颁布实施的《钦定学堂章程》即“壬寅学制”。1904年1月，《奏定学堂章程》即“癸卯学制”正式颁布，并付诸实施。“癸卯学制”将教育分为三段七级。其中第三段为高等教育，又分为三级：高等学堂（或大学预备科）三年、分科大学堂三到四年、通儒院五年。有机会参与中国教育改革的总体设计的张之洞，将其对师范教育的理念和在湖北、江苏的实践，融合进“癸卯学制”的制订之中。“癸卯学制”与“壬寅学制”的一个明显不同之处，在于师范教育不再作为“附设”而与普通教育、实业教育并行；明确划分为初级师范学堂和优级师范学堂两级，后者的程度高出于高等学堂及大学预备科，而具有高等教育的性质。体现了张之洞在《创建三江师范学堂折》中提出的“师范学堂为教育造端之地，关系尤为重要”的思想。 三江招生入学之后，学生由于学堂之名、学堂用人和经费分摊等问题发生省界纠纷。江苏籍的士绅如张謇等人也有强烈反弹。他们提议应对三江师范学堂“正名”，理由是自雍正元年起，两江总督就兼辖江苏、安徽、江西三省。在两江总督驻节之地开办的师范学堂，应更名为“两江优级师范学堂”，它不言而喻为三省公学，无须以“三江”为名。（光绪三十一年十一月二十日(1905年12月16日)《南洋官报》，第29册。）经过一段时间的争议，两江总督周馥亦认为学堂名为“三江”似乎意义含糊不明，遂自1906年5月易“三江”为“两江”，并根据《奏定学堂章程》条例，定名为“两江优级师范学堂”。（苏云峰：《三（两）江师范学堂：南京大学的前身》，第47页。）1906年10月，周馥奏请停办两江的初级师范，并以江宁原有之算绘师范学堂扩充为初级师范学堂。（《东方杂志》第三年第5期（光绪三十二年五月），总第6647页。）

更名“两江优级师范学堂”，不仅是学堂名称的变更，而且也伴随着学制的变革和课程内涵的提升，学堂的组织架构和人事也有新的明显的变化

张之洞在《创建三江师范学堂折》对三江的定位是：培养苏、皖、赣三省的中小学堂教员。计划前三年专办初级师范，分一年速成科、两年速成科和三年本科等三级学制，毕业生“陆续派赴各州县充小学堂教员”；第四年则开办“高等师范本科”，旨在培养中学堂教员。1904年三江共招生300名，即按三种学制进行培养。 1 最速成科。学制一年。开设修身、历史、文学、舆地、算学、体操、英文、教育、理化概说、博物、生理卫生、图画、手工、东（日）文等课程，每周授课36学时。

2 速成科。学制两年。所学课程较最速成科增加了农学和法制经济等，且课程程度也明显加深。但每周仍为36学时。

3 初级师范本科。学制三年，较《奏定初级师范学堂章程》规定的“完全科”学制缩短二年。三江师范本科共开设17门课程：修身（经学）、历史、教育、文学、舆地、算学、物理、化学、生理、博物、图画、农学、法制经济、手工、体操、英文、东（日）文。与奏定章程对“完全科” 规定的课程相比，减去了“习字”，把“读经讲经”与“修身”合为一门，同时增加了生理、农学、法制经济、手工、英文、东文等6门课。很显然，三江的本科比较注重课程的实用性和现代性，学生除修习数理化、农博、手工外，还修读两门外语，同时能学到有关国家政治、法律、财政、生产及交易、消费等方面的理论与知识。