敦化市的历史较为悠久，原名敖东城（亦称阿克敦）保留了清代古城池的名字。“敖东”系满语“鄂多哩” （又称额多力）的转音，其语意不详。县名敦化，取自四书《中庸》“大德敦化”一语。含有“以德治理”之意。

      敦化历史悠久，素有“千年古都百年县”之称。698年，粟末靺鞨首领大祚荣率众在此筑城自固，建都称王，号称震国。713年，唐玄宗册封大祚荣为渤海郡王，始称渤海国，建都于忽汗城，即今敦化。到了明清时期，又被称作敖东城。1677年（康熙十六年），清政府尊长白山为神，对这里进行封禁。作为满清皇族发祥地，清初这里被封禁达二百年之久，取《四书中庸》中“小德川流，大德敦化”之句，寄“敦风化俗”之意，定名为敦化。1762年（乾隆二十七年），清政府颁布《宁古塔等处禁止流民例》，正式宣布宁古塔管辖一带为封禁区，敦化为清皇室发源地，属封禁之例，但北部驿路沿线却不在封禁之内。当时由于种种条件所限，虽然明令封了，但却阻止不了外来汉民私自开垦荒地。一传十，十传百，大多来自山东、河北等地的人流不断涌入这号称东大荒的敖东城（亦名鄂多里，又名阿克敦），来开垦这无人管理的土地。加之土匪横行，社会治安状况也很糟糕。1878年（光绪四年），吉林将军派员前来视察，并于当年成立了阿克敦荒务局，从此打开了二百年的封禁。赵敦諴调来负责向民众放荒事宜，次年就放出 熟地2774垧，以后逐年都有发放，共放出熟地近万垧。1880年（光绪六年）吉林将军铭安奏请建县，1881年1月25日清政府批准。当时清廷历法沿用农历，是为光绪六年十二月二十六日。公元1882年，随之人口也不断增加，经过一年筹备，建城池，搭班子，修县衙。1882年（光绪八年），敦化县正式建成。解放战争时期，敦化是中共吉敦地委所在地。1946年，中共吉林省委、吉林省政府暂住敦化。1958年由省辖县划归延边州。1985年撤县改市。