中东铁路修建和陆续通车，最初在海拉尔和满洲里设立铁路交涉分局，继而又在扎兰屯、博克图设立分局，受辖于哈尔滨的黑龙江铁路交涉总局。按不平等协议规定，铁路各站点均划为附属地，由俄国人任董事长的“理事会”管理，实行俄国法律，成为“国中之国”。在铁路修筑时和营运后，由沙俄资本家直接经营的多家伐木公司，大肆砍伐和掠夺呼伦贝尔遍地的原始森林资源。他们还通过开办扎赉诺尔煤矿和达赉湖渔场，掠夺我资源，大发我民族国难之财。

   1900年，沙皇作为侵华的八国联军之一，出动17万军队镇压中国人民反帝爱国斗争。其西路军攻入呼伦贝尔城（今海拉尔市），肆意烧杀劫掠，连同呼伦贝尔副都统公署在内的所有房屋几乎全部被烧毁，粮食、档案和银两被抢劫一空；沿边卡伦尽毁，从此呼伦贝尔有边无防，俄人可任意越境，肆意掠夺一切资源。

   沙俄乘我爆发辛亥革命之机，策动呼伦贝尔上层贵族发动叛乱。1912年1月15日，额鲁特总胜福等人武装攻占海拉尔，宣布呼伦贝尔“独立”，废除原有厅、府、局建制。1915年中俄签订了《中俄会订呼伦贝尔条件》，呼伦贝尔成为“特别区域”，直接由中央政府管辖，副都统由中华民国大总统任命，受黑龙江省长监督。在九年的“独立”期间，沙俄通过与其傀儡签订的五十多项所谓的合同与协议获得各种特权，其时正值第一次大战期间，沙俄商人和资本家更加疯狂地从事掠夺。

   1917年冬，俄国发生社会主义革命，大批俄国人越过国境，迁到中东路沿线站段和额尔古纳河东岸三河地区； 1918年英美等十几个帝国主义国家武装干涉十月革命，谢苗诺夫和原中东铁路总办霍尔瓦特组织的“远东政府”武装对抗苏维埃政权，使呼伦贝尔备受战乱灾难。

   1929年7月，因中东路路权问题，中国东北军与苏军发生武装冲突，殃及满洲里、扎赉诺尔在内的整个中苏边境地区，苏军占领海拉尔一个多月。这次长达四个多月的战争，使呼伦贝尔边卡尽毁，边事尽废，社会发展陷入严重困境。