鹿寨县于2005年推行了新型农村合作医疗制度，标志着农村建立了基本医疗保障体系。据统计，目前全县已有31.38万农民参加了新型农村合作医疗，参合率达80.3%。截止到2007年6月底，全县参合农民有13.48万人次获得医疗补偿，报销金额1606万元，有9万余农民免费享受到妇女病普查、上消化道普查和健康体检。医疗保障作用显现，农民的医疗经济负担减轻。我县定点医疗机构严格控制医疗费用，2006年人均住院日由2004年的6.4天下降为5.6天，人均住院费用由2004年的1207.37元下降到1112.38元，有效地缓解了农民“看病难，看病贵”的局面。为保障我县新型农村合作医疗的健康运行，实现全县资金信息规范化、科学化管理，我县自主开发了一套适合我县运行的新农合计算机信息网络系统，有效地提高了经办机构的工作效率，农民报帐方便快捷，系统对资金的使用情况进行动态监控，有效地防范了资金出现透支的风险,实现了“管理科学、操作规范、监督有力、补助便捷”的预期目标。
为了进一步扩大参合农民的受益程度和受益面，从2007年7月1日起我县调整新农合政策,农民每年只需缴纳10元合作医疗基金,一旦生病住院最高可获得3万元的医疗补偿。
1、提高住院补偿比例：在新农合定点乡镇卫生院为60%不变；在新农合定点县级医疗机构和柳州市级二级医疗机构由35提高到40%；在新农合定点市级三级医疗机构和自治区级医疗机构以及在柳州市以外定点医疗机构住院治疗由20%提高到30%。
2、对参加新农合农民住院分娩顺产的，一次性补偿由100元提高到200元。由民政部门代缴参合资金的贫困孕产妇，持民政部门代缴参合资金的有效凭证，住院分娩顺产一次性补偿费用提高至300元。
3、提高大病救助补偿比例：凡一年住院费用达1-2万元（含2万元）的，按14%给予补偿；住院费用达2-3万元（含3万元）的，按16%给予补偿；住院费用达3-5万元（含5万元）的，按18%给予补偿；住院费用累计达5-8万元（含8万元）的，按20%给予补偿；住院费用累计达8万元（不含8万元）以上的，一次性补偿25500元。大病救助基金每人每年最高金额不超过25500元。
4、降低住院补偿起付线：在新农合定点乡镇卫生院不设起付线；在新农合定点县级医疗机构和市级二级医疗机构由200元降低为100元；在新农合定点市级三级医疗机构和自治区级医疗机构由300元降低为200元；
5、提高住院封顶线：一年内累计住院补偿资金封顶线由3500元提高到4500元；
6、扩大慢性病门诊治疗补偿范围：将癌症病人门诊放化疗、长期瘫痪卧床不起、尿毒症病人门诊透析治疗、系统性红班狼疮、肝硬化失代偿、脑血管意外、银屑病、高血压病Ⅲ级、冠心病合并心衰、精神性疾病、糖尿病合并心脑肾功能损害、肺源性心脏病、类风湿性关节炎、脏器移植后的门诊抗排斥治疗、先天性心脏病、风湿性心脏病、慢性肾炎、帕金森氏病、结核病（现症患者）、甲亢等20种慢性和重大疾病的门诊治疗费用纳入新农合住院补偿范围。