天启元年（1621年），秦邦屏、秦民屏渡浑河与清军血战，秦邦屏战死沙场，秦民屏突围而出，秦良玉于是亲率三千前往，所经过的地方秋毫无犯。明熹宗朱由校下诏给秦良玉加二品官员服饰，并封秦良玉为诰命夫人，封秦良玉儿子马祥麟为指挥使。秦良玉上言秦邦屏的死状，请求从优抚恤，兵部尚书张鹤鸣也建议朱由校厚待秦良玉家的家人。朱由校于是下令赠秦邦屏都督佥事，子孙世袭，秦民屏官进都司佥书。

同年九月，兵部让秦良玉再回乡征兵二千，秦良玉与秦民屏回乡后，恰逢奢崇明造反，其部将派遣使者前来想与秦良玉结盟。秦良玉将使者斩杀，立即发兵率领秦民屏及秦邦屏的儿子秦翼明、秦拱明逆流西上，至重庆南坪关，断贼归路。秦良玉设伏兵袭击两河，将敌人的船只烧毁。而后秦良玉分兵守忠州，派快马带檄文至夔州将翟塘一带的贼兵消灭。秦良玉上表秦民屏的战功，朝廷升秦民屏为参将，秦翼明、秦拱明为守备。

天启二年（1622年），奢崇明包围成都，巡抚朱燮元传令秦良玉前去征讨。秦良玉率军攻取新都，长驱直奔成都，将奢崇明击败，解了成都之围。奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏等攻克二郎关、佛图关，收复重庆。朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、总兵官，授马祥麟为慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等，奢崇明兵败自杀，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。朝廷因功多次赏赐秦良玉金币。

天启三年（1623年），总兵李维斯打了败仗，还对秦良玉闭门不见，皇帝朱由校于是下诏文武大臣必须以礼招待秦良玉。[

天启四年（1624年），秦民屏随巡抚王三善率军在陆广作战失败，王三善率先逃走。秦民屏在大方大破贼兵。退兵时，遭到贼兵袭击，奋战而死，秦民屏两个儿子突围而出但也重伤。秦良玉上书请求抚恤，朝廷于是追赠秦民屏为都督同知，并立祠祭祀，两个儿子封官，秦翼明、秦拱明官至副总兵。