进京勤王

崇祯三年（1630年），清军大举进攻，永平四城失守，皇太极进围京都。秦良玉率秦翼明奉诏勤王。皇帝朱由检于平台召见秦良玉，赏赐秦良玉钱币牲畜酒水等，并赋诗表彰秦良玉的功劳。皇太极退兵后，秦良玉率兵回，而秦翼明就在京畿附近驻扎。[12]
崇祯四年（1631年），孙承宗修筑大凌河城，秦翼明领一万人进行保护，修成后率兵回。[13]
逆战反王

崇祯七年（1634年），张献忠在四川作乱，攻陷夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。[14]
崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉塌天，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。

同年，杨嗣昌自请为督师入川剿贼。四川巡抚邵捷春领二万兵马守重庆，所倚重的将领只有张令和秦良玉，但邵捷春不争山夺险，就在重庆附近设防，派遣张令守黄泥洼。秦良玉深刻指出这种布防的弊端，但邵捷春已经移营至大昌，秦良玉乃向已经辞官的绵州知州陆逊之感叹，以与邵捷春一同战死为耻。

十月，张献忠先后与观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡进军，秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击。但不久张令战死，秦良玉也随即战败。秦良玉于是去见邵捷春，建议发二万吾溪峒卒用来击破贼军，但邵捷春不用

遗憾终老

崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉建议巡抚陈士奇派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年（1644年），张献忠领大军再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
隆武二年（清顺治三年，1646年），张献忠与清军作战，兵败身死，而明朝也已被李自成所灭，秦良玉于不久后的永历二年（清顺治五年，1648年）寿终而死。