禅城祖庙始建于北宋元丰年间（1078年~1085年），当时的名称叫祖堂，其实就是北帝庙，当时珠三角地区多为水乡，水患多，而北帝恰是传说中治水的神，于是北帝作为禅城人的保护神被供奉起来。但在明代，祖庙遭到破坏。洪武5年（1372年），祖庙得到重建。

  明朝正统十四年，朝廷封祖堂为灵应祠，并建了灵应牌坊。自此，祖庙由民间祭祀之地变成官方祭祀之地。

  1451年，成为官方祭祀之地的祖庙得到朝廷的支持扩建，塑北帝铜像。自此，祖庙初具规模。

  光绪二十五年，富裕的禅城人捐钱捐物对祖庙进行首次大修，祖庙至今仍保持着百年前的艺术建筑风貌。

  当时，各行各业人士都拿出自己最好的东西捐给祖庙，禅城当时手工最出名的石湾瓦也被放在了祖庙的屋脊上。

  上个世纪70年代初，灵应祠大堂后面庆真楼的砖木结构改成了混泥土结构。据当时参加了修缮工作的梁诗裕先生说，当时动用了100多人共花了一年多时间才完成修缮工作。

  上个世纪70年代还没有设立禅城博物馆，祖庙旁边是关帝庙、妈祖庙等，后来才把它们拆了修建禅城博物馆，因此用博物馆的概念来评价祖庙是不准确的。1998年，庆真楼变成危房，加固后又重新使用。

  黄飞鸿真人唯一的照片在祖庙三门的北侧，有一座两层仿清代青砖镬耳建筑，那是占地五千平方米的黄飞鸿纪念馆。走进黄飞鸿纪念馆，馆内设有陈列馆、飞鸿影院。陈列馆内，有一幅目前国内仅存的黄飞鸿真人照片，很多游客到了这里必须要和大师的照片合影。“十三姨”莫桂兰的真人照片，也陈列在馆内。并制作了一个“宝芝林”的复制品，与电影里的场景很相似。颇令游人兴奋。纪念馆里有个很大的演武厅，每天都有一场武术表演在这里进行，黄飞鸿的门人们将精湛的武艺呈现给游客。飞鸿影院则不停地播放黄飞鸿的电影录像，拳脚声不绝于耳与武术表演相得益彰，仿佛又见黄飞鸿当年矫健的身影。据说，祖庙的工作人员地毯式收集了1000多件黄飞鸿的文物，近百部黄飞鸿电影以及黄飞鸿功夫的真人演绎，才形成了这座凝聚全世界38万黄飞鸿门人寻根拜祖的纪念馆。黄飞鸿在《中华奇人大辞典》里，只有一句话的介绍，但“黄飞鸿”这个题材却被充分利用，并被演绎得传奇神奇，可见人们对正义的追求。为满足海内外华人的愿望，纪念馆已经整理出的《黄飞鸿大事年表》，刻成了石碑，放在馆内供人解读。是祖庙的灵气哺育了黄飞鸿，而黄飞鸿的民族气节和传奇经历又给祖庙添了荣耀。在纪念馆的左侧，每天进行一次的南派舞狮表演。队员们在铁柱和木桩上闪展腾挪，将高超的岭南狮艺展示给游客。据说：这支舞狮队由黄飞鸿传人组成的，每年还要到海外华人聚集的地方表演好几次。大概是出于对黄飞鸿仰慕，或者对舞狮艺术的崇拜，当舞狮者摆出一个造型“定格”时，游客就纷纷往大开口的“狮子”嘴里放钱。

  青石铺路，斗拱飞檐，清音萦绕，曲径回廊，祖庙的内涵实在是过于丰富，以致于再多，再深沉，再华丽的文字去描述她都是隔鞋挠痒，徒流遗憾而已。只有亲自去体验，去感受……方能领略其中妙处。[1]