解放初，灌河南岸的响水口划入滨海县，盐河以西的南六塘河以南地区划归涟水、沭阳二县。东海县的南岗、陡沟、龙苴、新坝划属灌云。当时全县设置16个区， 185个乡（包括6个区属镇）， 1026个行政村， 2940个自然村。1950年全县为11个区， 163个乡，6个区属镇，后增设l个四队区。1954年全县并为11个区， 150个乡，2个县属镇，3个区属镇。1956年合区并乡时，全县为8个区， 61个乡，2个县属镇，3个区属镇。1957年撤区并乡时，为17个乡、4个镇（不包括划入灌南县的8个乡镇）。

灌南县1958年成立，以新沂河中泓为界，将新沂河以南的新安镇及苏光、陈集、海亭、树德、三口、李集、曙红7乡划归灌南县。同年新海连市的灌西盐场、燕尾镇划归灌云县。1958年底又将新坝划给新海连市。人民公社化时，全县成立了19个人民公社，不久并为16个人民公社，1个镇。从 1962～1980年新设置4个县属镇，并增设沂北、鲁河等公社，全县辖22个公社，5个镇，5个场圃（另有5个省属农、林、盐场在境内）。

1983年灌云县划归连云港市管辖，并将南城镇、云台公社及省属云台农林场划归市区。同年实行体制改革，将公社、大队改为乡政府、村委会迄今。县政府驻伊山镇胜利路中端北侧。

灌云县地势平坦，依山傍海，资源丰富。地势自西北向东南倾斜，西部有一条狭长岗岭地带，海拔3--3．5米，局部岗岭地5～20米；东部2～2.5 米，局部在2米以下。县境有大伊山、小伊山、伊芦山等9座孤山，其中大伊山最高，高程226．6米，伊芦山高程212米，其余都在100米左右。南北走向的河流有盐河、叮当河、忆帆河等；东西走向的有新沂河、善后河、东门河、五图河、车轴河、烧香河等。土壤有淤土、黑土、盐碱土和沙土等。淤土和黑土均属粘性土壤，分布在县中、西部平原地区；盐碱土主要分布在东北地区，虽经改良，尚未完全脱盐；沙土分布在岗岭地区和沿山地区。