清镇有人类活动的时间可追述到数千年前的新石器时代。仙人洞是清镇最早有人类活动的一个遗址，相传是因为谢牧在此吃桃成仙而得名。1980年，考古人员对这个洞进行了发掘，出土了骨器、陶片、人类化石和动物化石一共500多件。根据检验，这些化石距今已经有4000多年，相当于新时器中晚期时代。

从清镇境内出土的文物来看，清镇一直都有人类在此居住和繁衍。贵州省博物馆的考古人员曾经在清镇进行过两次大型的文物发掘。

一次是1958年12月至1959年4月，考古人员抢在红枫电站大坝建成蓄水之前，对即将被湖水淹没的清镇、平坝交界处的新桥、玡陇坝、余家桥、张家大山等地的墓葬文物进行抢救发掘，共发掘古墓140座。其中，有汉墓36座，三国至南朝墓18座，宋墓86座，出土陶器、铜器、铁器、漆器和珠宝、金银饰物等随葬品300多件。

众多文物中，有一件制作于西汉元始三年的“铭文漆耳杯”，距今已经有2000多年历史，此杯底部是黑漆，内壁是红漆，月形的双耳镶嵌有鎏金铜边，杯体绘有几何纹、旋涡纹、凤凰纹、弦纹等，做工非常考究，反映出当时极高的手工艺水平。更主要的是，杯底有针刻铭文，记载了它的生产工艺、制作年代、产地、名称、容量和持有者等，为研究当时贵州与汉王朝的政治及经济关系提供了重要的实物依据。这次发掘出土的许多有价值的珍贵文物，如朱绘漆盘、铜龟灯、背篓铜雀等20多件，现收藏于贵州省博物馆。

贵州省博物馆在清镇进行的第二次大型文物发掘是1972年，地点在当时的东门桥公社的干河坝，当时，共清理古墓84座，出土器物270件，有陶器、铜器、铁器、锡器、骨器、珠饰、铜钱等，墓葬的年代上至北宋，下至明初，多为仡佬族墓葬。
这些墓葬的形态和出土器物对研究自汉代以来清镇的政治、经济、文化，以及研究清镇原驻居民的生活和历史提供了非常有力的证据。