綦江河长220 千米，流域面积7020 平方千米。按河谷地貌及河道特征分为上游、中游、下游三段：
①河源至綦江赶水镇段为上游，又称松坎河，河长约 80 余千米，平均坡降约13‟，河宽一般30～60 米。
②赶水至綦江区城为中游，河长约60 千米，河宽一般60～100 米，平均坡降约1.3‟。赶水以下始称綦江。
③綦江区城以下为下游，河长约 70 千米，河宽一般 80～150 米，平均坡降约 0.5‟。 綦江水系呈树枝状分布。流域面积大于300 平方千米的支流共5 条：左岸的笋溪河、清溪河；右岸的新站河、蒲河、藻渡河。流域面积 100～300 平方千米的支流共5 条：左岸的郭扶河、杨渡河、东溪，右岸的扶欢河、通惠河。

上游

綦江自发源地至赶水镇称松坎河。自源头向东至胜利乡与发源于韭菜坝的支流相汇，折向东北经蒙渡，至松坎镇。松坎千年古镇，是清代后期綦江上源崛起的小港之一，素称“黔北门户”。咸丰七、八年（1857、1858 年）贵州战乱频发，“各途皆阻，惟松坎尚通川路”。在松坎设有水文站。向北又转西偏北入綦江区境，至赶水镇，左纳杨渡河、右纳藻渡河。

杨渡河发源于习水县东北大娄山系，北流入綦江区境，河长35 千米，流域面积257 平方千米。 松坎河坡降陡、滩险密、河槽浅，常年水深仅30～40 厘米，流速一般2～3 米每秒，河床多大卵石或顽石。船舶行驶，不仅上水拉纤，下水也需利用挽纤控制航速航向，或船工涉水抬船推进，有的河段船体几乎是擦着河床航行。清咸丰年间，老百姓曾创造了一种纯由木板钉合而成的仅见于綦江航运的“软板船”。清同治年间，治理松坎河，解决部分航段运输困难。光绪年间，对松坎至江口数百里水路加以疏浚；并开拓松坎河上游，航线由松坎向上延伸六七十里，直抵新站。民国23 年和民国28 年，分别对桐梓县松坎河段及松坎白石塘至赶水段进行治理。抗日战争期间，松坎河是由重庆经川江、綦江、松坎河水运至松坎，再转贵阳的“筑渝”联运线的组成部分。

中游

赶水镇以下始称綦江，至綦江区城古南镇为中游。綦江过赶水北流约 40 千米，至东溪镇左纳东溪。在东溪设有水文站。复北流，于三江（三溪）镇右纳蒲河，再至綦江县城右纳通惠河。

通惠河发源于巴南区陈家乡南山冈，入綦江区境后，左纳小石坝河，于綦江区城东汇入綦江；河长32 千米，流域面积198 平方千米。 綦江流域中段，以深丘为主，有部分中低山。中下游河段仍然滩险众多。重 7 庆市境内就有滩险127 处，平均约1 千米有一滩险。有两处称为“峒”的特大险滩，乱石堆积，上下游落差大，水流从乱石穿流。其中，羊蹄峒在赶水下游约4 千米，滩长约 1 千米，河底高差 6 米；盖石峒在赶水下游约 13 千米，滩长 500 多米，河底高差7.5 米。

东溪古镇，原名万寿场，有 1300 多年历史，有西汉古盐道天梯、明清穿斗结构吊脚楼民居等众多历史文化遗存，是重庆市历史文化名镇。

綦江区处于流域腹地，周代属巴国疆域，公元619 年建制南州；元末农民起义领袖明玉珍据蜀称帝，始置綦江县，至今 630 余年。綦江农民版画蜚声中外，1987 年被国家文化部命名为“中国现代民间绘画之乡”。 抗日战争爆发后，民国二十六年（1937 年）11 月国民政府迁重庆。次年 1 月导淮委员会西迁入渝，奉命承担綦江航道治理任务。为战时经济需要，制定了以建闸坝为主、整治浅滩为辅的分二期建设的渠化计划。一期工程于1938 年11 月开工，1941 年3 月竣工，在干流及支流蒲河上共建成5 座船闸。闸室均为宽9 米、长66 米，一次可通行5 吨木船12 只或15 吨木船6 只。其中盖石峒是中国第一个二级连续船闸，总水级9.2 米。当时，船只过闸，传为奇闻。二期工程，自1940 年8 月～1945 年3 月，建成石溪口大中闸、滑石子大华闸、剪刀口大常闸等3 座船闸。闸室均为宽12 米、长60 米，可通行30 吨级木船，长江小汽轮能过闸至三溪镇。据统计，1938 年綦江通航船只1600 多艘，年运量4.8 万吨；到1941 年2 月，船只增至2600 多艘，年运量30 万吨。

下游

綦江河过城，北流入江津市境，左纳清溪河。

清溪河发源于贵州省习水县蛇皮峰，北偏西流为江津市与习水县界河；在江津市境，入清溪沟水库（总库容 1638 万立方米）。出库后复入綦江县境，又经马颈子水库，再过鹅公沱船闸、詹滩船闸，至溪口汇入綦江；河长61 千米，流域面积414 平方千米。至江津贾嗣镇，有五岔水文站，控制流域面积5566 平方千米，多年平均流量97.8 立方米每秒（39 年），水位变幅12.3 米，枯水期水深0.8 米，历年实测最大洪水洪峰流量4930 立方米每秒（1963 年）。过贾嗣又依次左纳紫荆沟、笋溪河。流域面积 1230 平方千米。綦江复北流至仁沱镇顺江村汇入长江。江口段受长江回水顶托，20 年一遇洪水，回水可至江津市五福约45 千米；一般洪水亦达连千子约35 千米。

清雍正七年（1729 年），为利川盐运黔，凿疏江口石梁数滩。光绪四年（1878 8 年），自江口向上源整治，凿疏江口之头渠、二渠、三渠上下漕口，使船只通至綦江县城。抗日战争时期第二期渠化工程，修建了“大胜”（乔溪口）“大利” （车滩）和“大民”（五岔）三座船闸。一、二期渠化工程的实施，时逢抗战，艰难曲折，在工程设计上也存在一些问题。但工程完成后，支撑了抗日战争期间在重庆的钢铁企业的生存，也促进了沿江经济发展。原拟第三期渠化工程，再建 14 座船闸，因抗战胜利，国府东迁，遂未实施。 中华人民共和国成立后，先后对各闸坝进行闸门改造、坝体维修，对一些区间航道进行整治。在清溪河、笋溪河上又建成3 座船闸。流域内兴建了大量的水利水电工程。随着纵贯流域的川黔铁路通车，公路渐成网络，而原有船闸通航技术明显落后，綦江航运日渐衰萎。1985 年交通部研究表明，綦江赶水镇以下至河口130 余千米，若全面渠化，连通长江构成内河航运网，铁路、公路、水路合理分流，水道可进一步利用，仍有相当开发价值。按《重庆市内河航运规划》（2001 年～2020 年），綦江选定10 级渠化方案，2020 年赶水至江口河段通航100 吨级船舶。

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