妙因寺建成于1755年（清乾隆二十年），是郭尔罗斯前旗“沙卜隆”云丹扎木苏活佛为祝贺乾隆皇帝寿辰而建。当时报请清朝理藩院，赏赐满、蒙、藏、汉四种文字匾额——妙因寺。

      后几经修建，到清朝末年福兴寺因年久失修迁来之后，这里形成有佛堂、经堂、活佛斋院、北仓、东仓、西仓等建筑群体，共计房屋五百余间。佛堂和经堂都是九九八十一间的大殿，共三层。一为平顶，属藏式建筑，为妙因寺喇嘛所用；一为大屋顶，是汉藏结合式建筑，为福兴寺喇嘛所用。两殿各为一院相隔，院外有高墙相围，前有山门殿，门前有红、黄二匹泥塑骏马，殿内供有关帝伽蓝大护法，左关平，右周仓，威严而立。活佛斋院在佛堂经堂的后院，是二层平顶小楼，内有小佛堂和活佛起居室，二楼藏经。北仓为总管喇嘛，负责活佛斋院和全寺经济管理，收地租，收布施，管理寺庙佃户，车马，畜群以及两寺支出等。西仓、东仓则由二寺“扎甫”大喇嘛住持，分别主持妙因寺、福兴寺宗教活动、法会、喇嘛日常管理等事宜。

     据清宣统年间所编《郭尔罗斯前旗报告书》记载，“妙因寺内住扎甫喇嘛一人，度牒喇嘛二十四人，小喇嘛二十七人，庙地六百零五垧，由公爷府岁给香资钱一百吊。附近的福兴寺，因庙宇倒塌，无力重建，所有喇嘛移于妙因寺。并有扎甫喇嘛一人，度牒喇嘛十四人，小喇嘛十六人，庙地三百三十垧，由公爷府岁给香资钱一百吊。”这样，两寺合起来共有喇嘛近百人，庙地近千垧。