连云港海洋馆位于连岛，是真正意义上的建在大海中央的海洋馆。海洋馆展示了约300多种1000多只活体海洋动物，几乎囊括了海洋动物所有门类的代表性动物，是国内为数不多的使用天然海水展览海洋动物的海洋馆之一，也是国内展示活体珊瑚品种数量最多的海洋馆。
  馆内包括大型鲸鱼标本区、海洋珊瑚贝类区、水生生物活体展区、压克力海底隧道区、海兽观赏区及科普画廊。走进400米长隧道，观赏300多种1000多只活体动物，您在徜徉于水生世界的同时，还将从科普画廊里获得更丰富的海洋知识。在这里你可以看到五颜六色的珊瑚礁鱼，小巧玲珑的“水母”，国家级保护动物—斑海豹、海龟、玳瑁，面目狰狞的大鲨鱼以及能吃人的湾鳄等。

  在国内海洋馆，博物馆中属首次展出的中国科学院的南极磷虾，有孔虫，还有中国科学考察船“大洋一号”采自四大洋深海3000米以下的海底矿物质——锰结核和硫化石。