菱塘清真寺位于高邮市菱塘回族乡北部的清真村，是中国华东地区规模最大的伊斯兰教穆斯林礼拜清真寺，据记载，清真村的清真寺，是由传教士薛琦于清朝道光二十四年（1844年）所建。原占地面积3500平方米，呈前后三进、两厢三院。寺前有照壁、寺后有花园。寺内建筑有前殿、大殿、窑殿、水房、南北厢房、殡具室等20多间。现存主要建筑有关殿、大殿和四方亭阁（窑殿）。窑殿建筑巨翼重檐，古朴典雅，具有浓郁的民族风格。

窑殿西北侧有棵300余年的参天银杏大树，在其西南侧有棵百年金桂。两棵古树与窑殿遥相呼应，互为一体，甚为壮观，为寺院增色不少。整个寺院结构严谨、布局整齐。据说，为当时苏北地区乡村罕见的大寺院。这座寺院虽然建筑历史才160年左右，但已分别在清朝光绪十年、民国十年和1995年进行过3次大规模的修缮。特别是10年前的翻修，工程量最大，修复了前殿、大殿，整修了窑殿，复原了清真寺石刻、复建了水房和殡具室，改建了五道花墙等建筑，在保持原汁原味、原有风貌的基础上，基本恢复了原有清真寺的规模。