方超自幼读私塾和高等小学及简州旧制中学，因顽劣成性，违犯校规而被学校开除。后到成都储材中学免强毕业。1924年4月，考入杨森的四川陆军讲武堂，结业后因军阀混战，杨森被赶出成都，方超只得同姨表弟赴广州并进入黄埔军校第三期学习。回川后，通过族侄方颉云在田颂尧29军军部任职的关系，到29军任上尉参谋。
1927年4月，汪精卫欧游回国，与蒋介石形成汉宁对立的局面。年底，汪再度出洋。这期间，简阳县人宋明煊纠集一些人在成都少城公园（今人民公园）召开“拥汪倒蒋”大会。方超因与宋明煊有宿怨，想把宋搞垮，便约集了许多人，用小纸包炸药做成“欢喜弹”在会场内乱打，惊散人群，使大会无法进行。方超因此被警察抓捕关押。1928年初，蒋介石与汪精卫又合作并复任总司令。四川军阀也由拥汪转而拥蒋，名义上接受蒋介石统治。方超因为曾经捣乱“倒蒋”大会而被认为拥蒋有功，不但被无罪释放，还成了他后来青云直上的一个重要因素。随即奔赴上海，经过多方钻营终于进入蒋系军政集团，在黄埔军校担任了一个不大的职务。
不久，方超加入军统。在戴笠保荐下，他曾出任中国驻意大利使馆武官，并有机会进入意大利皇家警官学校学习毕业，这为他以后长期充任高级警官提供了资历。回国后，方超先后在驻外武官训练班、陆军大学、中央警政高等研究班任职。后来，先任江苏杨州市警察局长，又调任南京首都警察厅副厅长。1937年，“８•13”淞沪战争爆发，方超在上海戴笠组织的“军事委员会苏浙行动委员会”任参谋处长。后调任汉口市警察局长。武汉会战时，方超任湖北警卫第２总队长、新29师副师长。武汉失守，方超逃至重庆，任内政部警察总队长。
在重庆期的两年多时间里，方超经常出入权贵之门，先是利用军统关系接近了特务头子毛人凤，后又借四川同乡关系投靠了国民党内部一大派系——政学系领袖人物张群。
张群任成都行辕主任并理四川省主席时，四川军阀与蒋介石始终处于貌合神离的状态，特别是四川军阀的部属对中央驻蓉军队、政特工人员的飞扬跋扈更是深恶痛绝，双方不时发生磨擦火拼，比如刘文辉的侄儿刘光琮当时担任师长，为小事就曾派部队围攻南门汽车站的宪兵排并枪杀了一名执勤的宪兵；邓锡侯的儿子邓亚民当时担任绥靖公署特务团长，也曾因小事与驻蓉空军人员发生口角致一场群殴，使所有空军人员很久不敢进城。
张群为了妥善处理这类案件，于1941年８月启用四川籍的方超，委派方超任四川省会警察局长之职。他在成都任职期间，既极力亲近政学系，又注意与地方势力中的头面人物交好。因此任职超过３年期限。
当时的成都的社会状况是极其复杂的，妓院、暗娼、大小烟馆的老板都有各自或大或小的支持者，方超对此心中明了，凡有强大后台的不但不抓，还尽力给以庇护，借以卖人情拉关系；但对后台为川军的中、下级军官或袍哥航把子之类开的就一概红黑不认。
如在太平洋战争期间，驻蓉援华抗日美国空军，在成都横行霸道，在街上开车横冲直撞压死行人。方超从不过问，竭力压制民众不满。还强征妓女和一些良家妇女，每天到福兴街协和宾馆“盟军招待所”，陪伴美军人员。
再如保警大队长陈德高是方超的四川讲武堂同学，每次抓烟、赌后，陈都提留少数，多数上交方超。方超对下级警士混水摸鱼，也就听之任之。
这样历时既久，导致积怨日深，最终引发了1943年春成都严重的军警冲突事件。1943年春，陈德高率武装警士在一个有士兵守门的川军营部内抓了烟馆，引起军人严重不满，从此军警冲突事件不断发生并逐步升级。先是到处有散兵流氓对站岗警士挑衅殴打，后又在南门大桥用麻袋套住两个警士投入江中淹死，后来更有很多武装士兵从东大街、总府街、华兴东街、暑袜街、商业场和三倒拐各地齐向华兴街警察总局冲去并高呼“打死方超”、“打死陈德高”的口号，弄得全市震惊，人心惶惶。不过，好得方超的警察总局右面是黄隐的川军九十五军军部，而后面是潘文华军长的公馆，两处都有军队封锁街口，使警察总局免去被包围之祸。而警察总局方面则用四挺机枪在门前专门对付左边来的肇事部队，局内的300多名武装警士也严阵以待，同时又传说军校的四辆坦克也将开来平乱，这才使那些肇事者挫了锐气，最终向空放了几枪后分路撤走，而方超闻讯从华西坝赶回途中在商业场差点被十几个散兵打死。
张群得知报告后，立即饬令驻省川军将领对所辖部队严加管束，听候调查处理，并又电调成渝公路护路部队曾晴初师星夜开赴成都以防万一。庚即由成都行辕、川康绥靖公署和警备司今部派员组成联合调查组进行调查，认为完全是军队肇事，应严惩主犯，结果找了一个姓彭的团长撤职，把淹死两个警士的军士枪毙，一场成都旧军警风波终于得以平息。
方超还镇压学潮。1943年冬，成都市立中学因为市政府一项不合理举措，发生学潮，方超派陈德高率队前往镇压。陈德高的外号是有名的“毛牛”，当即命警士用纤藤乱打学生，因此激起全市名大、中学师生的义愤并纷纷上街游行，连小学也参加了罢课和游行。驻成都川军中对方超有仇怨的中、下级军官也从中推波肋澜，使事态日益扩大。另一方面，早就垂涎四川省会警察局长宝座的四川军统特委会秘书徐中齐又乘机活动，终于迫使方超和成都市市长余中英于同年11月被迫辞职。
辞职后又八方钻营，最终于1945年，方超任四川水上警察局长。水警局机构庞大：内有一处（督察处）、一所（水警训练所）、四室（秘书、人事、会计、统计）、四科（行政、司法、总务、技术）和三个大队（水警、侦缉、通迅）且各有部电台；外有成都、新津、内江、和简阳石桥等十二个分局且分局下设分驻所。于是方超乘机大吃缺空，各分局、大队、科室共缺空300名左右，各项经费照例支出，冒领浮报。全局各项经费、一切特别支出都照例冒领浮报：三条汽筏子坏了一直停泊在乐山、宜宾、泸县等三地，从未加以修理，而维修费用却照例报销。
方超在任四川省会警察局长和水警局长期间，采取多种手段，聚敛了不少钱财。他在成都置有房院、公馆５处，望江楼对岸有田土五六十亩，双流县有田土100多亩。他还私囤大批汽油、棉纱。1949年逃往台湾时，还剩余很多，没有销完，却又无法弄走，只好留下了。
方超还参与上演了贿选“国大代表”的丑剧。1947年，国民党宣布实行“宪政”。方超时任水上警察局长，他想再往上爬，到处钻营，最终得到张群支持，被提名为简阳的“国大代表”候选人。以通过是旧部的关系乞求田颂尧勾通省参议员刘肇乾等人的关系，拉拢简阳地方封建政治团体“信诚联谊会”及其他乡镇装及袍哥航把子，为自己助阵。这些人中有：简阳县参议会副会长三岔乡舵把子廖仲霖、律师曾文鸳、简阳县参议会议长周云章、简城镇镊长吕平阶、商会会长哥老会头子罗德明、石桥镇镇长段渊如、简阳三青团主任李芝祥、石经寺方丈常憨以及全县各乡镇长、袍哥航把子、团练局长、县参议员、学校校长等。
由于当时东乡的樊巨川也被提名“国大代表”候选人，并正在召开简阳另一地方封建政治团体“建安”社集团会筹划竞选大事。时不可待，方超回简阳找到“信诚”主角廖仲霖、周润生、鄢亚雄等发出通知，也召开“信诚”全体大会，开会地点在简阳北门公园。凡来开会的都带有保镖，连石经寺的方丈常憨也带了两三个青年和尚别着双枪（手枪和烟枪）到会助阵。开会时到会社员有六、七十人，加上各自的兄弟伙共二百人以上。会议决定：欢迎方超为“信诚”名誉社长，各社马上回去布置选举，争取选票，并设法渗入樊巨川的据点乡镇，放宽尺度，吸收可靠分子入“信诚”社，壮大阵容，分化瓦解樊巨川“建安”集团。方超在会上也表示：“各位帮了兄弟的忙，今后一定有所报答。”会后，方超拿出支票，交予廖仲霖等作为活动经费，并给其中的人员委以水警各级职务，发给武器，沿江横行，一时路人侧目。他还在寓居成都的简阳籍军政要员中大肆活动拢络，求得支持。然后，在简城中街设立竞选办事处，方超出钱，由“信诚”的人出面，宴请地方头面人物和各保甲长，收买选票。方超则亲自出马，宴请全体县参议员，许愿拉拢。
与此同时，樊巨川也不甘示弱，大肆拉拢各方，扩张“建安”集团势力，鱼虾蟹鳖来者不拒，街上不时呜枪示警，弄得人民胆颤心惊！竞选之祸达到极点。
１９４７年的夏天到冬天，方超、樊巨川等辈，不惜施展出各种卑劣手段，攻击对方。各方的骨干分子都按原定的办法集中填票，即使在简阳县城也仅发少数票给居民填写，其余大部分票仍集中由专人填写。待选举结束将票匦抬到开票场，到启封开锁取票时一看，都是成捆放置，一点不乱。双方都严密监视对方的票数。当县民政科负责人宣布选举结果时，方超由于在整个竞选活动中，耗费资财折合大米六七百石（约10万公斤），终于如愿以偿，得到一十七万多张，当选“国大代表”。樊巨川得票不到十万张只能候补了；另外，刘朱秀中（女）得票四万多张当选，另一女候选人李靖华为候补。这样，一场闹轰轰的所谓简阳国大代表的选举丑剧终于落幕。