庙毁之后，此地百姓自供观音于堂上，以求保佑平安。相隔数百年之后，至宋景德三年，此地再度自发兴起建庙之风，以求保佑一方平安。乡绅及善男信女再凑钱粮，着人去江西重请僧侣。此番请回的僧侣中，含禅、密两宗，各有数僧，从此，普照寺共存禅、密两宗香火。
此后，历经数百年直至明万历年间，殿宇日趋破败，地方乡绅及诸方善男信女，筹得款项，再次重修殿宇，重塑金身。这次重建，耗费巨资，使各殿金壁辉煌，三生大殿之中共塑九条金龙，庙分东西两廊，各有田土数百亩，至清顺、康、乾数百年间，陆续添修偏殿若干，在此期间还讨得乾隆皇帝御笔亲书“皇觉宝殿”火匾一塊，挂于大雄宝殿匾额之上。并将普照寺立为主庙，下属若干寺院，僧侣字辈排行也依普照寺字辈。
普照寺戒律甚严，弟子犯戒，归罪于师；若弟子犯戒，本寺发出通贴，知会下属各寺僧侣住持前来宗师堂上，按律治罪，重惩其师，故下属各寺中之僧侣尽皆循规蹈矩，潜心念佛，大多数僧侣饱学诗书，不乏高僧大德之人。
普照寺下属寺院甚广，诸如乐至报国寺、简阳白塔寺、南化宫、永兴寺、猫猫寺、朱家观等十数处，就当时而言，仅次于成都文殊院及峨嵋山香火，其规模可见一斑。有人赞曰：“人在数里外，可闻鼎沸声”。
寺中所塑神像栩栩如生，各殿筒瓦盖殿、神兽坐脊，宝塔压顶，飞檐走壁、画栋雕梁；正殿三重，偏殿若干，三重大殿中，红木雕就九条金龙抱于柱上，九条金龙姿态各异，色泽有别，劲健无比，灵活变化之态，有行云布雨之势，完全可称神品。各殿之中，金壁辉煌，无论十二圆觉，还是十八罗汉，个个目光炯炯，神采奕奕，姿态各异，殿中央千瓣莲花，瓣皆绿色，莲花之上正襟端坐尊尊菩萨庄严肃穆，微睁双目，俯视下界众生；莲台之下，尚有裎鬼护莲，一个个青面獠牙露凶相，目闪碧光吐幽灵，肌腱分明力用尽，千瓣莲花压断筋。一幅狰狞恐怖之像，更显出森严万分。若身临殿中，油然自生无比敬畏之情。各殿房屋顶棚及四壁，全为工笔画所覆盖。其内容都是如来说法、观音得道，达摩面壁、三藏取经之类，每幅都堪称为世间稀有的精品。三宝殿匾额上方，原悬挂有一火匾，上书“皇觉宝殿”四个大字，这是乾隆皇帝御笔亲书，可惜毁于文革之中，当时也无照片存世，使这一珍贵文物消失无踪，实在是一大遗憾。
20世纪末，经政府批准，卧龙山被立为风景名胜旅游区，并决定恢复重建普照寺，全寺依山形而建，就地势而筑，各殿高低错落有序，所建各殿已初具规模，现占地约四十余亩，钢筋混泥土仿古结构，与过去土木相比，各有特色。信众接来主持释宗峰大师，大师得知此处乃千年古刹遗址后，发下宏愿，定要恢复“昔日辉煌”，自97年5月初8到卧龙山之后，释宗峰大师整日操劳，八方化缘，历经数年艰辛，由初来时的“一片空山寂寂地”建成数重佛殿，变成了今天的“贝叶声声撞法鼓、梵音处处敲神钟”。
普照禅院之中，晨钟暮鼓撞世外，贝叶木鱼响林间；常住僧侣十数人，游人香客常不断。休闲旅游者、烧香拜佛者全年有数万之众，不少游人感叹道：山并不高，植被很好，风景秀丽，简直是一个天然“氧吧”。
正是：风调雨顺万物荣，衣丰食足百业兴；民殷国强倡宗教，信仰自由和谐春。