至2013年，巫山县辖2个街道、11个镇、13个乡。

高唐街道

高唐街道位于巫山县中部，大宁河与长江交汇处。2011年成立。面积5.221平方千米。辖11个社区。G42高速、S103公路穿境而过。[3]

龙门街道

龙门街道位于巫山县中部，大宁河与长江交汇处。2011年成立。面积16.169平方千米。辖1个社区、3个行政村。G42高速、S103公路穿境而过。[4]

巫峡镇

巫峡镇位于巫山县中部。面积172.5平方千米。辖1个社区、18个行政村。县政府驻地。[5]

双龙镇

双龙镇位于巫山县中北部。三峡工程移民搬迁镇。面积141.99平方千米。辖1个社区、20个行政村。巫（山）（巫）溪公路过境。大宁河纵贯镇境。景点有大宁河中的巴雾峡、滴翠峡和小小三峡。[6]

大昌镇

大昌镇位于巫山县北部。三峡工程移民搬迁镇。面积188.8平方千米。辖4个社区、29个行政村。大昌古城为省级重点文物保护单位[7] 。

龙溪镇

龙溪镇位于巫山县西北部。面积72平方千米。辖1个社区、13个行政村。公路与巫（山）（巫）溪公路相连。

官阳镇

官阳镇位于巫山县北部。面积118.47平方千米。辖1个社区、13个行政村。县道巫（峡）官（阳）公路过境。

骡坪镇

骡坪镇位于巫山县东北部。面积159.4平方千米。辖1个社区、17个行政村。S103巫（山）巴（东）公路过境。[8] 巫山县地图

抱龙镇

抱龙镇位于巫山县东南部。面积148.13平方千米。辖1个社区、17个行政村。景点有巫山十二峰中的聚鹤、翠屏、净坛、上升四峰奇景。[9]

官渡镇

官渡镇位于巫山县南部。面积202.58平方千米。辖1个社区、27个行政村。巫（山）巴（东）公路过境。

铜鼓镇

铜鼓镇位于巫山县西南部。面积90.14平方千米。辖1个社区、11个行政村。巫（山）奉（节）公路过境。

庙宇镇

庙宇镇位于巫山县西南部。面积142.88平方千米。辖2个社区、18个行政村。巫（山）建（始）公路过境。

福田镇

福田镇位于巫山西北部。面积123.78平方千米。辖1个社区、21个行政村。巫（山）（巫）溪公路过境。[10]

两坪乡

两坪乡位于巫山县中部，长江北岸。面积130.90平方千米。辖11个行政村。S103巫（山）巴（东）公路过境。

建平乡

建平乡位于巫山县中部偏东。面积104.94平方千米。辖8个行政村。

曲尺乡

曲尺乡位于巫山县西部。三峡工程移民搬迁乡。面积117平方千米。辖1个社区、10个行政村。长江横贯乡境。

金坪乡

金坪乡位于巫山县中北部。面积48平方千米。辖5个行政村。公路与巫（山）（巫）溪公路连接。[11]

大溪乡

大溪乡位于巫山县西部，长江三峡的瞿塘峡口。三峡工程移民搬迁乡。面积76平方千米。辖6个行政村。古迹有大溪文化遗址、古骡马驿道、古石拱桥、清代贞节牌坊墓碑群、明朝大将军康茂才碑刻等，景点有错开峡景区、桃花山、乌云顶等。[12]

平河乡

平河乡位于巫山县北部。面积133.81平方千米。辖9个行政村。公路与县道巫（峡）官（阳）公路连接。[13]

当阳乡

当阳乡位于巫山县北部。面积109平方千米。辖6个行政村。公路与县道巫（峡）官（阳）公路连接。

三溪乡

三溪乡位于巫山县东部，东与湖北省巴东县接壤。面积106.96平方千米。辖18个行政村。巫（山）巴（东）公路过境。[14] 巫山县自然风光

竹贤乡

竹贤乡（已改为镇）位于巫山县东北部。面积90平方千米。辖6个行政村。公路与巫（山）巴（东）公路连接。

笃坪乡

笃坪乡位于巫山县东南部，与湖北省巴东县接壤。面积123.25平方千米。辖10个行政村。巫（山）建（始）公路过境。[15]

培石乡

培石乡位于巫山县东南部，濒临长江南岸。三峡工程移民搬迁乡。面积49平方千米。辖5个行政村。长江三峡中的巫峡在境内。[16]

邓家土家族乡

邓家土家族乡位于巫山县东南部，与湖北省巴东县、建始县接壤。面积58平方千米。辖5个行政村。巫（山）建（始）公路过境。

红椿土家族乡

红椿土家族乡位于巫山县西南部。面积75平方千米。辖5个行政村。公路与巫（山）建（始）公路连接。